l RAD（Restriction site Associated DNA）测序

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RAD测序，作为一种简化基因组测 序技术，首先利用内切酶进行酶切反应，然后对获得的Tag序列进行高通量测序。与其他技术相比它大幅降低基因组的复杂度，操作简便，且不受参考基因组限制。RAD测序可以在较短时间内利用较低的费用获得贯穿整个基因组的高密度分子标记，特别适合大样本量研究。结合生物信息方法可用于群体进化研究、遗传图谱构建、QTL定位和辅助scaffold组装到染色体等领域。

技术路线

生物信息学分析模块

样品要求

1) 样品总量：≥ 10ug;

2) 样品浓度：≥ 50ng/ul

3) 样品纯度：OD值260/280应在1.8～2.0;

4) 样品质量：基因组完整、无降解、无污染。

5) 样品包装：用封口膜密封样品，DNA低温运输（-20℃）。

参考文献

[1]  Baird NA, Etter PD, Atwood TS, Currey MC, Shiver AL, Lewis ZA, Selker EU, Cresko WA, Johnson EA.Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers.PLoS One. 2008;3(10):e3376. doi: 10.1371/journal.pone.0003376. Epub 2008 Oct 13.

[2] Hyten DL, Cannon SB, Song Q, Weeks N, Fickus EW, Shoemaker RC, Specht JE, Farmer AD, May GD, Cregan PB. High-throughput SNP discovery through deep resequencing of a reduced representation library to anchor and orient scaffolds in the soybean whole 

应用案例

BMC Genomics. 2011 Jun 10;12:304. doi: 10.1186/1471-2164-12-304.

Identification of SNP and SSR markers in eggplant using RAD tag sequencing.

Barchi L, Lanteri S, Portis E, Acquadro A, Valè G, Toppino L, Rotino GL.

背景：

1， 茄子种属于茄科是继马铃薯和番茄后第三个最重要的的茄科作物品种，它在世界各地均有栽培，但大部分集中在中国和印度。茄子基因组了解十分有限，只有1000个左右的SSR 标记没有SNP。

2， 利用Restriction-site Associated DNA (RAD)简化基因组的方法，结合Illumina高通量测序技术可以快速和大规模的发现茄子的SNP和SSR标记，这些结果对茄子的基因组信息的补充和比较基因组方面研究提供许多帮助。

研究方法：

1， 从两个品系（’305E40’;’67/3’）分别抽取DNA

2， Rad测序建库：酶切，加接头，打断，回收和定量

3， 每个文库上illumina GAIIx测序（2 x 54bp）

4， 数据拼接，注释，鉴定SNP和SSR

5， 利用illumina GoldenGate 方法进行验证

分析结果：

1， 305E40品系10.9M 序列得到28935个contig  67/3品系12.12M序列得到38941个contig，两者一致的contig是31635个

2，将茄子数据集（SM-I）与拟南芥做比对，再关联到GO数据集，其中24522个属于生物学过程；15137个属于细胞组分；12144个属于分子功能。

3， 鉴定出超过10000个SNP位点

4，利用验证后的高质量的343个SNP来研究不同品种的茄子样本，发现进化树呈现两个主要的分支，揭示了茄子的遗传多样性

5，鉴定出1855个SSR标记，其中主要特征序列（motif）是三核苷酸类型