1. 注释
(1) 基因组组分分析
GC含量分析, Contig N50 和Scaffold N50统计
(2) 基因预测
(3) 基因结构注释(4) 重复序列分析与注释
(5) 启动子和motif预测
(6) 非编码RNA的注释tRNA, rRNA, microRNA靶基因预测, snoRNA及其甲基化位点预测
(7) 基因功能注释GO, KEGG, InterPro, COG, NR, NT
(8) 免疫防御关键基因, 转录因子预测
(9) Pseudogene 预测
(10) 基因组的倍增(tandem and segmental duplication)
2. 比较基因组学分析
(1) 特有基因，基因组区域的检测
(2) 基因组家族分析:
直系同源和旁系同源
基因家族的系统发育, 进化分析:通过基因组数据或群体数据估计选择压力
(3) 共线性分析
,,