miRNA测序服务

  简介
  Small RNA，包括microRNA. siRNA和piRNA，是生物体内一类重要的调控分子，Small RNA通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，参与细胞生长、发育、代谢、基因转录和翻译等诸多生物学过程，来调控生物体的生长发育和疾病发生，是一类新的极具开发潜质的生物标志物和药物靶标。

新一代测序技术的高通量、高灵敏性、高精确性、低样品需求量、操作简便等特点，为在基因组范围内快速研究任一物种已知的small RNA的表达情况和预测挖掘新的small RNA调控分子提供了强有力的技术工具。

  技术特点
  高度开放性：无需预先了解序列信息和二级结构，即可研究任一物种已知的小RNA分子和预测新的小RNA分子。

高度灵活性：可研究任一17～35nt之间小RNA分子。

高度精确性：可精确到单核苷酸水平，非常有利于区分高度同源的小RNA分子和鉴定小RNA的多态性。

检测动力学范围广：可在超过6个数量级范围内实现准确的序列检测和定量分析，有利于低丰度小RNA差异表达的研究。

保持链特异性信息：保留了小RNA的原始链定位信息，有利于研究小RNA的表达调控机理。

数据质量高：深度测序保证了抽样随机性，可靠性和重复性高，与实时定量PCR结果具有较高的一致性。

样本要求

1)   样品纯度：细胞样品请提供至少5×106个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片

RNA样品OD 260/280值应在1.8～2.2 之间；28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。

2) 样品浓度：最低浓度不低于500ng/μl。
3) 样品总量：每个样品总量不少于15μg，小片段文库不少于6 μg。
4) 样品溶剂：细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5) 样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。

检测流程

数据分析

1. 基本分析

去除低质量、污染、接头的序列（reads）统计，包括reads长度、reads数量、reads碱基偏好、数据产量等统计分析。

2. 高级生物信息分析内容

small RNA长度的分布统计；

将small RNA定位到基因组，探索其在全基因组的分布特征；

两个样本的公共序列和特有序列分析；

与microRNA数据库（miRBase14.0）进行比对，鉴定已知microRNA；

通过与Rfam 9.1数据库以及GenBank数据库比对，鉴定rRNA、tRNA、snRNA等降解片段；

鉴定与重复序列相关的small RNA；

鉴定mRNA降解片段；

small RNA分类注释；

预测新的microRNA；

单个样本的microRNA表达模式分析；

两个样本的microRNA差异表达分析；

microRNA的表达模式聚类分析；

新miRNA预测

miRNA同源性结构分析

miRNA表达谱聚类分析

miRNA差异表达分析

miRNA靶基因预测

miRNA靶基因功能注释、pathway和Gene Onlotogy显著性富集分析