上海钰森生物技术有限公司
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质谱检测流程图：
肽质量指纹图谱方法（PMF）：分析蛋白质被酶切后的多肽混合物的质量，结果可以在蛋白质序列库中进行理论预测，并对质谱实测多多肽混合物质量与理论数据进行比较。相匹配时，蛋白质便被明确鉴定。这一方法的理论基础是，每个蛋白质经过酶解成长短不一的肽段后，同一时间获得所有肽段分子质量而形成的肽段分子质量图谱对此蛋白质应是专一而特异的。
MALDI-TOF-MS分析
一、电泳结果处理
我们对电泳的结果进行如下处理：
1、识别和比对可辨认的蛋白点：
图1：蛋白质二维电泳图示例
2、计算蛋白点的光密度：
图2：蛋白点光密度图
3、统计所有存在差异的蛋白点：
图3：差异蛋白分析图，其中红色标记上调蛋白，绿色标记下调蛋白。
二、蛋白点质谱鉴定
将差异的蛋白点进行MALDI-TOF-MS分析，将结果与蛋白质序列库进行匹配，明确鉴定出差异蛋白点。
质谱的数据通过MASCOT数据库检索来确定蛋白点所对应的基因：
图4：质谱图示例
三、差异蛋白质分析
1、Gene Ontology分析：
图5：Sample I and II 各自的所有蛋白类别比例的饼状图
图6：Sample I and II的所有的蛋白各类别里含的蛋白的数目比较
2、Pathway分析：
图7：差异蛋白的代谢通径分析，其中红色代表上调的基因/蛋白，绿色代表下调的基因/蛋白
3、转录因子（TF）分析：
把差异蛋白里面的转录因子重点分析（包括新基因）