【菁类染料-Cyanine dyes( Cy3, Cy5)】

作为生化试验常用的荧光染料，Cy3、Cy5不仅用于标记蛋白、多肽、抗体，还应用与活体成像系统。

Cy3和Cy5比其他的荧光团探针要更亮，更稳定，背景更弱。Cy3耦联基团激发光的最大波长为550nm，最强发射光为570nm。因为激发光和发射光波长很接近TRITC, 在荧光显微镜中，可使用和TRITC一样的滤波片。Cy3受激发后是肉眼可见的红光，发射波长在600nm（严格来说是橙色，但肉眼难以分辨）。Cy5受激发后肉眼可见仍然是红光，发射波长在700nm。

这是因为肉眼对波谱的分辨率是比较粗的，虽然cy3和cy5受激发后的发射波长差几十nm，但都在600以上，而人肉眼可见的波谱范围在400-700nm，从波长由高到低排列是 常说的红橙黄绿蓝紫，这个红，和橙很多时候其实很很难区分开的，所以，一般在拍荧光的时候，我们都给它着上别的颜色，使得我们肉眼就可以很清晰的分辨这些不同的荧光。

Cy3在氩光灯（514nm或528nm)下可以被激发出50％的光强，在氦氖灯(543nm)或者*灯(546nm)下则约75％。Cy3可以和荧光素一起作双标。Cy3还可以和Cy5一起在共聚焦显微镜实验中作多记。Cy5耦联基团的激发波长最大650nm，发光波长最670nm，在氪氩灯(647nm)下它们可被激发出98％的荧光，在氦氖灯下（633nm)为63％。Cy5可以和很多其他的荧光基团一起用在多标记的实验中。由于它的最大发射波长在670nm，Cy5很难用裸眼观察，而且不能用*灯作理想的激发。通常观察Cy5时采用具有合适激发光和远红外检测器的共聚焦显微镜。在水相封片剂中应当加入抗淬灭剂。使用传统的表面荧光显微镜时，不推荐使用Cy5。