本试剂盒提供了两种即用型的核酸染料：Hoechst 33342和碘化丙啶(Propidine Iodide, PI)。

Hoechst 33342，也称bisBenzimide H 33342或HOE 33342。分子式为C27H28N6O·3HCl·3H₂O，分子量为615.99，CAS Number 23491-52-3。
   

Hoechst 33342是一种可以穿透细胞膜的蓝色荧光染料，对细胞的毒性较低。
   

Hoechst 33342染色常用于细胞凋亡检测，染色后用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测。Hoechst 33342也常用于普通的细胞核染色，或常规的DNA染色。
   

Hoechst 33342的最大激发波长为346nm，最大发射波长为460nm；Hoechst 33342和双链DNA结合后，最大激发波长为350nm，最大发射波长为461nm。
   

 Hoechst 33342溶于水，溶解度可达20mg/ml。

    碘化丙啶(Propidine Iodide, PI，当结合DNA后，最大激发波长和最大发射波长约为535/617 nm)是一种核酸染料，它不能透过完整的细胞膜，但在凋亡中晚期的细胞和死细胞，PI够透过细胞膜而使细胞核染红。

Hoechst 33342与DNA结合后，凋亡细胞中的凝聚染色质会比正常细胞中的染色质染色更深、更加明亮。PI只能渗透进入死亡细胞，两种染料同时使用，通过荧光显微镜检测或者流式细胞仪检测就可以区分出正常细胞，凋亡细胞和死亡细胞。