STR/SSR微卫星分析及Fiasco-STR引物开发技术服务博友顺生物技术有限公司

技术服务信息

服务名称:STR/SSR微卫星分析及Fiasco-STR引物开发技术服务
服务类别:分子生物学服务 - 分子生物学整体服务
价格:600元
允许参观:不允许参与实验
所在区域:北京.北京
更新时间:2016-8-14 9:43:00
浏览人数:64
诚信指数:5点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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联系人:
刘敏
所在区域:
北京·北京
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技术服务详细描述

STR/SSR微卫星分析及Fiasco-STR引物开发技术服务


 一.STR/SSR分析

    微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,1)传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染的方法适用于前期批量引物筛选;2)利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,适合大量样本的检测。

1)   提供服务内容

1 按照客户要求设计实验方案,包括是否需要引物筛选,荧光标记的选择,引物的设计、合成和标记;引物组合的确定;

2-1 按照设计的试验方案完成引物筛选;(如果已经选好跳过这一步)

2-2 完成荧光PCR,并在3730xl测序仪上完成数据采集;(前期会进行预实验)

3 对没有扩增出来的进行二次PCR,再次检测;

4 对收集的数据进行处理,提取结果图谱

5 可以去除影子带进行片段统计

6 标准分析: 根据毛细管电泳图谱,将检测峰判读为对应的等位基因;

  高级分析:聚类分析;多样性分析;多态位点数(AP)、多态位点百分率( P)、平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)Nei′s基因多样性指数(H)Shannon′s信息指数(I)、遗传分化度(Gst)等。

2目前已经进行的样本类型树木,草,花卉,昆虫,鱼类,虾类,真菌


二.STR引物开发

SSR标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术。它具有共显性、高度可重复性、是研究群体遗传学、进行分子标记辅助育种、系谱分析和法医鉴定的理想工具。只因为SSR标记具有种族特异性,必须采用特异引物进行PCR检测,故而存在一个引物开发的问题。磁珠富集法开发未知基因组序列物种的引物,通过PAGE验证,可以清晰的分析出多态引物,用于后边的批量试验。

1SSR-开发技术路线

前期确认阶段:试验样本类型,数量,签订试验合作合同;

试验阶段:(30个工作日)包括选取4-6个样本进行多态性验证;

试验结果:通过磁珠富集微卫星序列,

2) 试验案例:我们已经开发过多个树种,昆虫,花卉,藻类植物,大型真菌等。例如松树、槭树、桑树、毛竹、兰花、萤火虫、月季、食用真菌、鱼,虾等。

3SSR开发服务内容

1 样本基因组DNA的提取;

2 构建文库并对特异性序列进行测序;

3 4-10个样本的PAGEJY-CX2B 测序电泳槽)验证图;

4开发出30—40对具有一定重复特征的微卫星引物,并且对引物进行多态性和特异性验证;

5提供保证8条以多态性引物


三.客户提供:

  基因组DNA

至少15μL样品,浓度为50-100ng/μL

●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带,没有降解;

●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化;

●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里;

●DNA溶解后,肉眼看不到杂色;

植物材料: 新鲜组织,叶片采用硅胶干燥后或干冰运输;

动物材料: 新鲜组织,无水乙醇封存低温运输;

 

  


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