solexa测序分析服务上海敏芯信息科技有限公司

技术服务信息

服务名称:solexa测序分析服务
服务类别:科研实验整体外包服务 - 实验设计指导服务
价格:询价
允许参观:不允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2017-3-28 10:52:00
浏览人数:50
诚信指数:61点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海敏芯信息科技有限公司
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上海市祁连山南路2891弄105号
邮编:
200331
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021-31523052
传真:
021-65332901
联系人:
徐敏芯
所在区域:
上海·上海
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技术服务详细描述

  我们使用总统令提供的启动子序列。转录因子数据库使用TRANSFAC 7.0公众。转录因子结合位点预测使用pwmatch程序,对每个转录因子分析其在上调基因和下调基因的分布情况,利用卡方检定寻找有差异的转录因子。


 
 MicorRNA solexa数据分析方案
 
对于得到的实验数据,我们提供专业的数据分析服务,其中微RNA水平的solexa分析包括如下分析项目:
 
*基本分析
1。测序结果分类将分为小分子RNA ,皮尔纳,tRNA和snRNA , rRNA基因, snoRNA的等,最后绘制饼图分布。
 
 
2。计算已知的microRNA的表达量(序列个数) ,对于处理-对照实验设计采用欧蒂斯克拉弗里试验筛选两个样本间的差异表达的microRNA 。
 
 
3。预测新的微RNA基因
我们根据solexa测序得到的未知序列信息,结合基因组提供的序列上下文信息,使用miRDeep预测solexa测序得到的未知序列中可能存在的新的microRNA 。
 
 
4。进化分析
跨物种比较小RNA序列的保守性及种子序列的保守性。对于一个物种预测出来的新的小分子RNA ,结果示例(对号表示序列完全一致,灰度升高表示保守性依次降低) 。
5。 microRNA的基因簇分析
将新预测的微RNA在基因组上定位,并寻找可能同时转录的小分子RNA 。
 
 
*探索性分析
 
。微小RNA编辑
微RNA 可能发生部分位置碱基的编辑,导致种子序列改变,从而导致靶基因发生改变。如:第五的T - >克。位于种子序列的中间,将直接导致靶基因发生变化。
 
 
2。病毒的microRNA
solexa 结果由于测出的序列较多,带有病毒来源的小分子RNA ,可能与病毒感染或共生有关。
 
3。天然反义miRNA的
微RNA 是茎环结构。其反义链也是茎环结构。同样也能形成小分子RNA ,这是一类新的小RNA 。其反义链也是发卡结构。
 
而在solexa测序结果中也能测到反义的序列。因此生物体能存在自然反义微RNA ,这是一种全新的microRNA的种类。
 
4。内源性小干扰RNA
由假基因或基因组重复序列生成。
 
 
5。思tRNA基因等
其他种类小RNA的也正在慢慢的出现。我们也有一些新的证据表明还存在一些其他的小分子RNA 。因此欢迎一起合作和开发。如: tRNA基因由三叶草型二级结构变为发卡环结构,结果也可以生成微RNA
 
 
6。单核苷酸多态性分析
包括前体及成熟体中单核苷酸多态性的寻找,对靶基因影响等。限于人,小鼠等有单核苷酸多态性数据的生物。如:人体miR - 146a *的次G / C单核苷酸多态性
 
 
 
7。另外
由于单独的小RNA solexa数据略显单薄,我们同时也提供microRNA的solexa与表达谱solexa结合分析,小RNA solexa与蛋白质谱结合分析,小RNA solexa与专业文本挖掘的结合分析,小RNA solexa与microRNA的靶基因和转录因子三组分网络的构建与分析等服务。
基因solexa 数据分析方案

 

 
 
对于得到的实验数据,我们提供专业的数据分析服务,其中表达水平的solexa分析包括如下分析项目:

 

一,差异基因注释及层次聚类
依据不同的分组,筛选出差异基因,然后对所有差异基因首先进行功能注释,对于未知功能的基因进行同源比对。表达值首先经对数转换,作为层次聚类算法的输三组样品进行层次聚类分析。
 
 
二,开始分析
对差异表达的所有基因向基因本体数据库的各节点映射。计算每个节点的基因数目,并结合整个数据库的基因作为背景分部,对于每个节点,得到一个2X2的的表格,使用超几何分布检验基因在每个转到节点的富集或贫乏程度。
 
 
三,通路分析
与往分析类似,我们同样将差异基因使用GenMAPP 2.1向KEGG资料通路和BioCarta数据库映射。通过统计方案,找到统计上最有意义的途径。
 
四,知识驱动的网络分析
通过整合医学文本挖掘,同源预测,基因邻居,蛋白-蛋白相互作用,基因融合等数据,建立一个所有差异表达在一个阴谋的调控网络的基因。这是一种已有知识驱动的网络构建
 
 
五,数据驱动的网络分析
对差异基因进行共表达基因调控网络的构建。采用贝叶斯方法,通过对表达数据进行机器学习,来构建差异基因之间的***络。这是一种数据驱动的网络构建,可以发现一些新的调控关系。
 
六,转录因子分析
利用相关的转录因子( TF)的数据库,将差异基因的启动子(基因第一个外显子上游1000bp )提取出来。

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