T细胞受体库测序重庆天科雅生物科技有限公司

技术服务信息

服务名称:T细胞受体库测序
服务类别:分子生物学服务 - 分子生物学整体服务
价格:面议元
允许参观:协商决定
所在区域:重庆.重庆
更新时间:2017-9-12 11:18:00
浏览人数:45
诚信指数:7点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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重庆天科雅生物科技有限公司
地址:
重庆市大渡口区春晖路街道翠柏路101号天安数码城5幢10层
邮编:
400000
电话:
02368937989
传真:
02368937989
联系人:
石林
所在区域:
重庆·重庆
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技术服务详细描述

一、技术背景

  T淋巴细胞在人体免疫保护与免疫调控中占据核心地位。T细胞抗原识别取决于高度多样化的T细胞受体(T cell receptor, TCR)。TCR作为一类重要的免疫细胞受体,其多样性非常庞大,机体内所有的TCR构成了个体的T细胞受体库(TCR repertoire)T细胞受体库的多样性直接反映了机体免疫应答的状态,T细胞受体库解析对阐明T细胞在疾病发生发展中的作用具有重要意义。

     T细胞受体库测序是以T淋巴细胞为研究目标,采用靶向扩增技术获取TCR α&βCDR3区域序列,结合高通量测序技术和生物信息学分析手段,深度解析T细胞受体库的特征,为肿瘤、感染、自身免疫等免疫相关疾病的临床试验、创新性治疗等研究提供灵敏、精确、可靠的检测手段。  

                       

二、产品介绍 

  天科雅科研团队自2010年开始,一直专注于T细胞受体库测序技术的研发和应用。本产品采用自主研发的T细胞受体库深度测序技术,靶向检测TCR α&βCDR3区域,结合独有的TCR数据分析计算平台,全面解析T细胞的抗原特异性反应,深入挖掘免疫系统与疾病及治疗的相互作用,为用户提供从样本处理、TCR扩增、建库、测序到基础数据分析的一站式服务。

  高阶TCR数据分析是对TCR数据进行深度挖掘,包括组间差异分析,组内与组间特征值挖掘和关联分析三大类数据分析,可为医院、科研院所等机构在疾病的临床诊断,预后跟踪,精准治疗以及新药研发等免疫相关领域的研究上提供新的研究思路及新的研究方法。同时,在公司顶级的生物信息专家的指导下,天科雅生物可以根基用户的具体需求,提供更加个性化的数据分析内容。

检测流程


送样要求


三、数据分析

TCR测序基本数据分析内容:


1. T细胞受体VDJ重构分析

2. T细胞受体基础统计

3. VJ使用频率分析

      a. V基因频率

      b. J基因频率

      c. VJ成对使用频率

4. CDR3长度分析

      a. 核酸序列长度分析

      b. 氨基酸序列长度分析

5. T细胞克隆计数频谱

6. T细胞受体多样性估计


高阶T细胞受体库深度数据分析内容:

1. 组间差异分析

     a. 组间多样性差异分析(基尼指数、香农熵 

     b. 组间高频克隆占比差异分析

     c. 组间TCRVJ基因用量差异分析

     d. 组间克隆表达CDR3长度分布差异分析

2. 组内与组间特征值挖掘

     a. TCR克隆空间稳态与高频克隆分析

     b. 样本间TCR克隆共享比例分析

     c. 样本间TCR克隆编号退化水平与克隆频率分析

     d. 样本相似性聚类分析

     e. 基于V-J基因用量与TCR克隆的降维分析

     f.  基于TCR克隆分类器的特征值提取分析

3.  关联分析

     a. 质量表型TCR克隆关联分析

     b. 数量表型TCR克隆关联分析



. 产品优势


. 产品应用


. 成功范例

成功范例 1——粘膜驻留T细胞多样性指数预测胃癌临床预后

胃癌是我国常见的恶性肿瘤之一,在我国其发病率居各类肿瘤的首位。TNM分期被广泛用于评估术后疗效和辅助治疗,但其并不够精确。本研究通过对第三军医大学西南医院28例初发胃癌患者的回溯性研究,通过对病人的肿瘤,近端粘膜及外周血中T细胞受体库测序,发现胃粘膜浸润T细胞受体库多样性指数可作为胃癌患者预后判读的重要指标。结果显示,胃癌癌旁粘膜内T细胞受体库NSDE多样性指数是患者预后的独立风险因素,且与患者短期预后和长期跟踪相关。

成功范例 2——CD8+T细胞受体库波动程度与药物超敏反应综合征患者病情严重程度呈正相关

药物超敏反应综合征(DRESS)是一类具有一定的特征并可危及患者生命的严重皮肤药物不良反应综合症。TCR谱系特征与其临床特征的相关性仍不清楚。本研究选取第三军医大学西南医院8DRESS患者,通过对不同发病阶段外周血PBMCCD4+CD8+T细胞TCR库测序,跟踪病人的T细胞受体库动态变化,发现CD8+T细胞受体库的波动程度与病人病情严重程度呈正相关。

成功范例 3——T细胞受体测序揭示健康条件下长寿命T细胞克隆的自然选择

绝大多数初始(naiveT细胞没有遭遇抗原因而寿命较短,遭遇抗原的T细胞会生存下来成为长寿命的克隆。然而,目前人们还不清楚健康条件下长寿命T细胞克隆的内稳态、抗原特异性和克隆多样性。我们与杜克大学医学院免疫系合作,应用动物模型的遗传标记,通过T细胞受体测序技术全世界首次跟踪了T细胞从诞生到成熟到衰老的生命过程,确立了T细胞克隆的终身记忆,发现了在幼年及成年不同时期产生的T细胞的分化趋势的差异。

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