m6A-circRNA表观转录组芯片上海康成生物工程有限公司

技术服务信息

服务名称:m6A-circRNA表观转录组芯片
服务类别:生物芯片服务 - 生物芯片处理和分析服务
价格:询价
允许参观:允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2018/11/14 9:52:00
浏览人数:128
诚信指数:972点
了解更多:进入公司展台
使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
点此求购 我要咨询
生物在线声明:以上所展示的信息由企业自行提供,内容的真实性、准确性和合法性由发布企业负责。生物在线对此不承担任何保证责任。

供应商联系卡

上海康成生物工程有限公司
地址:
上海市宜山路700号C2栋3楼 (200233)
邮编:
200233
电话:
800-820-5058/ 400-886-5058(免费热线);021-64451989
传真:
021-64452021
联系人:
market@kangchen.com.cn
所在区域:
上海·上海
邮件:
公司展台:
扫一扫,关注我们

技术服务详细描述

      Arraystar m6A-circRNA表观转录组芯片,可定量检测circRNA中m6A的表观转录修饰水平。

芯片优势
与MeRIP-seq相比,Arraystar表观转录组芯片有其独特的优势:
• 可同时检测何种转录本携带修饰,以及不同条件下的修饰差异,更重要的是,还可以检测每一种转录本的修饰比例
• 全面覆盖了编码基因和非编码基因,甚至用MeRIP-seq方法很难检测的lncRNA也可用芯片检测
• 不需要去除rRNA,比MeRIP-seq更简单便捷
• 样本需求量少,总RNA量低至1ug
• 适用于多种样本,比如降解的FFPE样本,血清/血浆/全血样本

Arraystar circRNA表观转录组芯片产品列表

服务芯片表观修饰规格描述
Human circRNA 表观转录组芯片技术服务Human circRNA 表观转录组芯片m6A8×15K3,617 circRNAs
Mouse circRNA 表观转录组芯片技术服务Mouse circRNA 表观转录组芯片m6A8×15K14,236 circRNAs
Rat circRNA 表观转录组芯片技术服务Rat circRNA 表观转录组芯片m6A8*15k14,145 circRNAs


芯片特点

芯片可定量每一种转录本的修饰百分比

      同一种RNA转录本的修饰亚群和非修饰亚群,由于其结构和结合蛋白的不同,会导致不同的命运(图1)。重要的是,转录本的修饰比例与它们的功能高度相关。然而目前的修饰检测方法,比如MeRIP-seq(m6A-seq),可以确定修饰的位置,却无法对一个特定RNA转录本修饰和非修饰部分的相对含量进行定量。Arraystar表观转录组芯片能够在同一个芯片中通过双荧光通道的方法检测每个转录本修饰亚群和非修饰亚群的百分比(图 2),同时对何种转录本发生修饰和不同条件下转录本的修饰差异进行鉴定。

图 1.同一种RNA转录本,随着其修饰的化学计量数发生变化,其功能也随之改变。在某一种细胞条件下,携带修饰的“RNA 转录本a”所占百分比可能非常低(比如,细胞状态1),但在另外一种条件下丰度变的很高(比如,细胞状态2)。通过引起RNA结构改变,或招募修饰阅读蛋白, “转录本a”的命运发生变化,比如从蛋白翻译转变为RNA降解。

图 2.Arraystar表观转录组芯片可以在同一张芯片上使用Cy5检测免疫共沉淀的修饰RNA,用Cy3检测上清中的非修饰RNA,从而检测每一个转录本中修饰和非修饰的百分比。选择性剪切产生的转录本异构体可以被转录本特异性探针所检测。

覆盖编码基因和非编码基因的表观转录组
•Arraystat mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarrays
适用于mRNA, lncRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA, 和 snRNA
•Arraystar circRNA Epitranscriptomic Microarray
适用于环状RNA,芯片收集了高可信度的环状RNA(在≥2个实验组和≥4个样本中有表达)
对MeRIP-seq很难检测的RNAs(比如lncRNA和circRNA),也具有高灵敏度和准确度

转录本特异性的RNA修饰检测
      选择性剪切产生的转录本异构体具有组织特异性和不同的生物功能。例如,TRIM9短的异构体(NM_052978),而非长的异构体(NM_015163),能够促进DNA和RNA病毒引起的I型干扰素的表达。转录本异构体的修饰百分比发生改变,常与生物功能和疾病相关。
      Arraystar表观转录组芯片,使用外显子和跨剪接位点特异性探针,确保了每个转录本异构体修饰水平检测的可信度与精确性,提供了更深层次的表观转录组学信息(图 3)。

图 3. Arraystar表观转录组芯片使用转录本特异性探针A和探针B,分别检测TRIM9的长转录本(NM_015163)和短转录本(NM_052978)携带的RNA修饰。

样本需求量少
      目前MeRIP-seq技术需要≥120ug的总RNA起始量,所需样本量多,限制了MeRIP-seq的适用性。相比于MeRIP-seq,Arraystar表观转录组芯片只需1ug 总RNA的起始量,所需RNA的量大大减少(表 1),为珍贵样本和来源有限的样本研究RNA修饰提供了机会。

 表观转录组芯片MeRIP Seq
RNA起始量    ≥1ug total RNA≥120ug total RNA
分离mRNA或去除rRNA不需要需要
RNA是否完整不需要    需要

 

数据库
Human circRNA Epitranscriptomic microarray

探针总数

13,617

探针长度

60nt

探针位点

circular junctions

探针特异性

转录本特异性

标记方法

RNase R 预处理线性RNA,随机引物反转,体外转录标记circRNA

circRNAs

13,617

circRNA来源

Updated Databases: circbase, CircNet, circRNADb [1-3]
Literatures: [4-10]

芯片规格

8 × 15 K

>>参考文献列表
 

Mouse circRNA Epitranscriptomic microarray 

探针总数

14,236

探针长度

60nt

探针位点

Circular junctions

探针特异性

转录本特异性

标记方法

RNase R 预处理线性RNA,随机引物反转,体外转录标记circRNA

circRNAs

14,236

circRNA来源

Updated Databases: circbase, CircNet, circRNADb [1-3]
Literatures: scientific publications [4-5]

芯片规格

8 × 15 K

>>参考文献列表
 

Rat circRNA Epitranscriptomic microarray 

探针总数

14,145

探针长度

60nt

探针位点

Circular junctions

探针特异性

转录本特异性

标记方法

RNase R 预处理线性RNA,随机引物反转,体外转录标记circRNA

circRNAs

14,145

circRNA来源

Updated Databases: circbase, CircNet, circRNADb [1-3]
Literatures: scientific publications [4-5]

芯片规格

8 × 15 K

>>参考文献列表


实验流程

      Arraystar表观转录组芯片提供完整的服务,从样本准备,MeRIP,cRNA标记,芯片实验到注释和数据分析。严格的质控步骤保证数据质量和有效性。交给我们您的样品,我们将做到最好。

图 4. m6A-circRNA Epitranscriptomic 芯片实验流程.

• 客户提供样本(具体见样本指南)
• RNA质量检测
• m6A-RIP
• RNase R 处理去除线性RNA(比如rRNA, lncRNA, mRNA等)
• cRNA合成和标记(cy5标记IP-RNA,cy5标记上清RNA)
• 芯片杂交,洗脱和扫描
• 数据采集,数据注释,数据分析和总结

结果展示

      Arraystar在芯片表达检测、数据分析和结果注释方面有着专业而深入的知识与经验。为客户提供丰富而详细的表观转录组生物信息学数据分析结果。
差异m6A甲基化circRNA: 

差异m6A甲基化mRNA聚类分析:

生物在线声明:以上所展示的信息由企业自行提供,内容的真实性、准确性和合法性由发布企业负责。生物在线对此不承担任何保证责任。

查看m6A-circRNA表观转录组芯片 产品的用户还对以下产品感兴趣

  Affymetrix基因表达谱芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]
  SABiosciences第二代功能分类基因芯片技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  比较基因组杂交芯片(aCGH)技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  21.0版microRNA芯片服务   [供应商:联川生物技术公司]
  microRNA(miRNA)芯片技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  Affymetrix SNP 芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]
  ABI miRNA检测   [供应商:北京博奥晶典生物技术有限公司]
  DNA甲基化芯片(Medip-chip)技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  MicroRNA 芯片技术服务   [供应商:上海欧易生物医学科技有限公司]
  SBC DNA甲基化芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]

ADVERTISEMENT

找不到您所需的产品,发布求购试试?

标题:*
描述:
姓名:*
Email:*
单位:*
电话:*
地址:*
邮编:
资料: 需要 不需要
报价: 需要 不需要