ATAC测序------染色质开放性测序技术上海云序生物科技有限公司

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技术服务信息

服务名称:ATAC测序------染色质开放性测序技术
服务类别:分子生物学服务 - 第二代高通量测序
价格:咨询:021-64878766
允许参观:协商决定
所在区域:上海.上海
更新时间:2018/11/9 9:52:00
浏览人数:34
诚信指数:371点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海云序生物科技有限公司
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技术服务详细描述

技术简介

ATAC测序的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。这项技术仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,广泛应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究,在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。

云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术,其原理为:利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带着测序标签的转座酶),加入到细胞核中,再利用已知序列的标签进行建库后测序,从而识别染色质的开放区域。


云序优势

实验快速:

实验流程精简,耗时短

样品微量:

细胞量少,适用于临床样本

结果准确:

重复性好,与同类技术及同类测序平台一致性高

信息全面:

获取信息量大(全基因组调控活性图谱、全转录因子结合图谱)

一站式服务:

客户只需提供细胞、组织、体液等样品,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

专业化的生物信息学分析:

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。

样品类型及样品量

动物组织(包括真菌)、植物组织(包括藻类)、冻存的细胞样品(基本覆盖所有物种),其它类型样品请详询。

a) 细胞:>1×106

b) 动物组织:>50 mg

c) 植物组织:>500 mg

其它类型样品用量请详询。

样本要求

1. 生物学重复

取样过程中,为了减少人为造成的样品间差异,可以采取如下措施:取样时间、部位、处理条件、性别、年龄、操作过程等方面尽可能保持一致,否则会影响实验结果的可重复性和可信度。

2. 样品的保存

用于二代测序、三代测序的组织,取样后,在简单处理并标记后,-80℃冰箱保存,以避免实验操作前样品降解的可能性。 

数据分析

1、富集峰(peak)识别
利用流行的MACS软件进行峰识别,默认P < 10-5识别基因组上的ATAC富集峰。

2. 富集峰(peak)长度分布

根据ATAC-seq识别开放区域的DNA片段长度,对富集峰的Count数进行统计。


3. 富集峰(peak)区域的在基因组中的分布
 根据注释信息,绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。

4. 样本间差异peak识别

云序生物使用diffReps包进行样本间差异peak的识别。默认筛选标准为FDR<=0.05,具体以报告为准。

5. 样品间差异peak相关基因的GO和KEGG富集分析

对差异peak相关基因进行功能分类,并发现显著性富集的功能条目。


案例解析

案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析

期刊:The Plant Cell 影响因子:8.23 

原文:EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments

本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种,对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。最后联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据,以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图,并寻找关键的转录因子-靶基因模块,预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。

图1. ATAC-seq与RNA-seq联合分析


案例2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析

原文:Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin  Accessibility

期刊:Cell  影响因子:31.398

该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺癌细胞之间的差异,从而研究人小细胞肺癌促进癌症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq,发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中,预示着NFI家族转录因子在调控肿瘤细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq,通过2种测序结果联合分析,发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多,且Nfib在侵袭性原发性肿瘤和转移性肿瘤内高表达,Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能,说明Nfib对促进癌细胞增殖和迁移具有重要的作用。

图2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析


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