微生物组研究解决方案北京博奥晶典生物技术有限公司

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技术服务信息

服务名称:微生物组研究解决方案
服务类别:微生物学服务 - 微生物鉴定服务
价格:询价
允许参观:不允许参与实验
所在区域:北京.北京
更新时间:2019/4/17 15:45:00
浏览人数:82
诚信指数:1842点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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北京博奥晶典生物技术有限公司
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技术服务详细描述

 微生物组研究解决方案

1. 微生物组测序研究策略

 

微生物存在于人体、植物、土壤、海洋等各种环境中,这些微生物群落的集合被称为微生物组。人类体表以及体腔内存在大量微生物,特别是存在于消化道中肠道菌群。这些菌群的数量与人体细胞总数相当。这些菌群编码约超过330万个特异基因,是人类基因组编码基因数的150多倍,因此也被称为“人体第二基因组”。人体微生物菌群,特别是肠道菌群对宿主很多重要生理功能的维护和发挥起着非常重要的作用,与人体健康息息相关,已经成为近年来的研究热点。

 

微生物组研究策略的出现,使得我们无需分离培养单个微生物,利用高通量测序技术即可对来自特定环境的微生物群落展开全局研究,16S rDNA区段测序技术及宏基因组测序技术可以一次性完成多个样本的平行测序,对微生物的物种组成、种群结构、进化关系、功能基因组、差异基因等进行分析

16S测序和宏基因组测序各自特点

 

项目

16S rDNA测序

宏基因组测序

测序原理不同

检测16S区域的高变序列

对全基因组进行测序,组装序列

研究目的不同

研究群落结构、丰度、多样性、进化关系以及群落差异等

16S基础上还可进行功能基因组分析、比较样品间基因差异、研究物种间代谢网络等

物种鉴定深度不同

注释不到种水平

鉴定到种水平,甚至菌株水平

成本不同

成本低

成本高

2. 16S rDNA区段测序

 

细菌16S rDNA 全长约 1540bp,包含10个保守区和9个高变区(V1-V9),其中保守区在细菌间差别不大,高变区具有高度特异性,因此可通过对某个或某些高变区进行测序来分析细菌菌落多样性。分析服务平台分为2大部分:标准分析、模块分析。其中模块分析可根据需求对要研究的样品分组,通过alpha多样性的各个指标、beta多样性分析方法等进行个性化定制,具有更高的可控性,对任意感兴趣的分组进行差异分析。

3. 宏基因组测序

 

宏基因组是指某一特定环境中全部微生物的遗传物质总和。宏基因组测序可以测定特定环境中所有的微生物尤其是难于培养微生物的基因组,进行序列测定和功能基因挖掘,研究新的具有特定功能的基因。目前宏基因组数据的分析主要包括质量控制、基因组拼接组装、功能基因预测、基因功能注释和微生物群落组成分析等部分。

4. 肠道微生物研究解决方案

 

通过同时结合宏基因组测序和16S测序两种技术手段,可以更高效、更准确地研究微生物群落组成结构、多样性以及功能等科学问题。

 

5. 研究案例

5.1 Cancer Research:口腔微生物组分反映了食管癌的潜在风险[1]

使用技术:16S区段测序(V4 Illumina MiSeq平台

研究样本:食管腺癌(EAC81例和匹配对照160例,食管鳞状细胞癌(ESCC25例和匹配对照50

研究结论:a. 牙周病原菌福赛斯坦纳菌与EAC高风险相关;牙周病原菌牙龈卟啉单胞菌与ESCC高风险相关;

 

b. 类胡萝卜素的细菌生物合成也与EAC保护相关。

 

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