LncRNA过表达及干扰武汉枢密脑科学技术有限公司

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技术服务信息

服务名称:LncRNA过表达及干扰
服务类别:分子生物学服务 - 病毒转染系统服务
价格:询价
允许参观:允许参与实验
所在区域:湖北.武汉
更新时间:2019/9/16 9:13:00
浏览人数:36
诚信指数:529点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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武汉枢密脑科学技术有限公司
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传真:
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联系人:
李娟
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湖北·武汉
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技术服务详细描述

lncRNA过表达和干扰

简介
长链非编码RNAlong non-coding RNA, lncRNA)是一类长度大于200nt的非编码RNA分子,主要位于细胞核中,少量位于细胞质内。lncRNA在基因表达调控、物种进化、胚胎发育、物质代谢以及肿瘤发生等过程中均具有重要作用。
根据它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置,主要可以分为以下5种,其所在的位置与其功能有一定的相关性。

类别
正义LncRNA与编码基因的一个或多个外显子重叠
反义LncRNA与相反链上的转录产物部分或完全互补
内含子LncRNA由基因的内含子产生
双向转录产物与蛋白质编码基因共享相同的启动子,但转录方向相反
基因间LncRNA由位于蛋白质编码基因之间的序列独立转录

lncRNA的主要作用机制
1)通过在蛋白编码基因上游启动子区发生转录,干扰下游基因的表达;
2)通过抑制RNA聚合酶或者介导染色质重构以及组蛋白修饰,影响下游基因表达;
3)通过与蛋白编码基因的转录本形成互补双链,进而干扰mRNA的剪切,从而产生不同的剪切形式;
4)通过与蛋白编码基因的转录本形成互补双链,进一步在Dicer酶作用下产生内源性的siRNA,调控基因的表达水平;
5)通过结合到特定蛋白质上,lncRNA转录本能够调节相应蛋白的活性;
6)作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体;
7)通过结合到特定蛋白上,改变该蛋白的胞质定位;
8)作为小分子RNA,如miRNApiRNA的前体分子转录。
lncRNA在胚胎发育、谱系分化、基因印迹、疾病发生等过程中都发挥着非常重要的调控作用,是转录调控的重要分支及热点。随着转录组学高通量测序技术的日臻完善,越来越多的lncRNA被发现。但是目前对lncRNA的认知还处在初级阶段,仍需要探索。

lncRNA的功能检测
lncRNA的功能研究主要采用敲减,过表达等实验手段。lncRNA的敲减是利用RNA干扰(RNA interference, RNAi)方法, 即由小干扰RNA(small interfering RNAs, siRNAs)和短发夹RNA(short hairpin RNAs, shRNAs)介导的特异性降解同源RNA, 该方法是lncRNA功能研究中最主要、最常见的技术之一。由于绝大多数lncRNA的表达丰度偏低, 在组织细胞中过表达lncRNA也是研究其功能的一个有效策略。
服务说明
枢密科技提供rAAV-LncRNArLV-LncRNAlncRNA过表达载体和干扰载体构建服务,同时可选择携带各种荧光报告基因或抗性基因,适用于普通真核表达、腺相关病毒包装、慢病毒包装与稳转细胞系建立等多种用途。
服务流程
  1. 客户提交lncRNA资料(ID号或者序列)、构建要求
  2. lncRNA过表达载体构建
  3. 病毒包装
  4. 稳定细胞株构建(根据客户需要选择,需要客户提供目标细胞)
载体选择

lncRNA敲减服务注意事项:
  1. 大部分lncRNA的本底表达丰度偏低,在进行干扰服务之前需检测本底表达情况。
  2. 不是所有lncRNA通过shRNA敲减技术就能达到期望的干扰效果。一方面大部分lncRNA分布在细胞核内,而RISC沉默复合物主要在细胞质里面,针对细胞核里面的lncRNA,目前的shRNA技术达不到干扰效果。另一方面有些细胞质的lncRNA也存在难易敲降的情况,lncRNA设计6-8条筛选不出来有效的干扰序列,那么可以判定该lncRNA很难被敲低。针对此情况建议采用siRNA(反义核酸),Cas13d等方式进行抑制。
交付内容:
  1. 质检报告
  2. 测序文件
  3. 过表达、干扰质粒/病毒/稳定细胞系
附表:
1 lncRNA相关数据库
数据库名称网址
Noncoding RNA tabasehttp://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/
fRNAdbhttp://www.ncma.org/frnadb/
NREDhttp://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/cgi-bin/ncrnadb.pl
lncRNAdbhttp://www.lncrnadb.org/
ncFANshttp://www.ebiomed.org/ncFANs/
NONCODEhttp://www.noncode.org/NONCODERv3/

2 部分lncRNA 的生物学功能
LncRNA名称生物学功能
H19肝癌细胞中高表达
Xist X 染色体失活
Tsix 阻断Xist 积累, 维持X 染色体的活性
ANRIL 抑制转录
HOTAIR 组蛋白修饰复合体的骨架分子
lincRNA-p21 通过结合转录因子抑制基因表达
PANDA 转录因子的诱饵
sat III 调控mRNA 前体的剪接
MALAT1 调控丝氨酸/精氨酸剪接因子***酸化
1/2-sbsRNA 介导mRNA 降解
BACE1-AS 增加mRNA 的稳定性
MALAT1与肝癌、肺癌和结直肠癌的预后不良和转移有关

参考文献:
1. Ling-Ling Chen.2015.Linking Long Noncoding RNA Localization and Function. Trends in Biochemical Sciences.
2. Ming-zhe Ma, Yan Zhang.,et al.(2016).Long Noncoding RNA GCASPC, a Target of miR-17-3p, Negatively Regulates Pyruvate Carboxylase–Dependent Cell Proliferation in Gallbladder Cancer. Cancer Research.
3. XIA Tian, XIAO Bing-Xiu.,et al.(2013).Acting mechanisms and research methods of long noncoding RNAs. HEREDITAS
4. Feng Yang, Fan Yi.,et al.(2014)The emerging landscape of long non-coding RNAs. HEREDITAS
5.Johnny T. Y. Kung, David Colognori.,et al.(2013).Lon, g Noncoding , RNAs: Past, Present, and Future. Genetics.
6.Longyang Jin, Qiang Cai.,et al.(2018) .Long noncoding RNA MEG3 regulates LATS2 by promoting the ubiquitination of EZH2 and inhibits proliferation and invasion in gallbladder cancer. Cell Death & Diseasevolume.
7. Yiwen Fang, Melissa J.,et al.(2016)Roles, Functions, and Mechanisms of Long Non-coding RNAs in Cancer. Genomics, Proteomics & Bioinformatics.

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