技术服务信息
技术服务详细描述
实验介绍
4D-蛋白质组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪，通过捕集离子淌度（TIMS）与同步累积连续碎裂（PASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离（保留时间、质荷比、离子强度）基础上，增加肽段的碰撞截面积（CCS），实现第4维度（离子淌度）的分离检测。 4D-DIA蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的新一代DIA技术，通过数据非依赖采集-同步累积连续碎裂（diaPASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。将DIA技术与基于timsTOF Pro上的diaPASEF技术相结合，具有高扫描速度和高灵敏度优势的同时，外加第四维离子淌度分离，使DIA数据在采集时不牺牲窗口循环速度的同时，降低谱图复杂度和提高离子利用率，实现了蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
实验流程：
应用方向
▶ 临床微量样本最佳检测方式，如：外泌体、FFPE石蜡切片、活检穿刺组织等
▶ 临床大队列样本分析，如肿瘤、心血管等重大疾病精准分型
▶ 作物群体性状等大规模样本研究，如育种品系、胁迫干预等
▶ 临床生物标志物发现：DIA接近MRM的定量能力，实现标志物筛选与初步验证过程合二为一
▶ 生物样本信息库构建：DIA可实现生物信息的完整保存，为后续回溯分析提供保障。药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析
数据分析
标准数据分析内容 | |
鉴定结果统计与分析 | 样本蛋白质及肽段鉴定柱状图、PCA分布图、定量差异统计分析 |
生物信息学分析 | GO及GO富集、KEGG及KEGG富集分析、PPI互作网络与module分析 |
差异上下调蛋白KEGG蝴蝶图、KEGG通路功能归属等 | |
高级数据分析内容 | |
标志物筛选 | 集成机器学习、LASSO回归分析、标志物panel、ROC分析 |
分子分型分析 | 无监督聚类分型分析、蛋白质组+转录组联合分析、激酶分析 |
临床表征与组学结果联合分析 | |
疾病相关功能模块分析 | WGCNA共表达分析 |
生存曲线分析 | 临床分型与生存曲线分析 |
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