人源细胞STR鉴定苏州琪霖智检细胞生物技术有限公司

技术服务详细描述

细胞、组织身源认定或者个体识别是当今实验数据及实验数据准确性的重要内容。在DNA水平上进行个体同一认定是获取准确结论的最直接方法。

 2011年初，美国菌种保藏中心（ATCC）制定了人源细胞系STR鉴定标准，旨在约束因细胞交叉污染和错误辨识所导致的无效科研数据的不断扩增。更重要的是，细胞系的精确鉴定在研发基于细胞下的医学产品时起到至关重要的作用，它能避免将人体细胞暴露于错误鉴定细胞中的风险。

目前应用最广泛的技术是短串联重复序列（short tandem repeat,STR）复合扩增荧光检测技术。

细胞株STR鉴定目的：

（1）细胞系间有无交叉污染

（2）所培养细胞间是否同一来源

（3）细胞来源是否是人源

（4）细胞系是否发生转化

（5）是否有迹象表明细胞系有无遗传

（6）稳定倾向和表型多样性的倾向

STR分型是一种用来做亲缘分析的方法，它的原理是在一单管中同时扩增多个多态性DNA片段。STR位点是由不同数目重复单元组成的重复DNA序列。每一个STR位点均能被扩增且扩增产物标记上不同颜色的荧光，使得扩增产物很容易通过片段大小和颜色来区分。

STR基因组是一类广泛存在于真核生物基因组中的DNA串联重复序列，其核心序列长2-6BP，重复次数通常为15-30次。STR基因组的高度多态性及其在基因传递过程中遵循孟德尔共显性遗传规律等特点，使得PCR-STR复合扩增荧光检测技术已成为国际法医学界、真核生物学研究、企业药物研发等领域不可或缺的一项重要技术手段，在各国罪犯DNA数据库建设、细胞数据库建设、人源个体识别，鼠源个体识别、种属识别、亲权鉴定等等实践中发挥着越来越重要的作用

STR基因组由于其多态性主要源自核心序列重复次数在个体间的差异，因此利用STR可以有效进行细胞株鉴定。STR分型被ICLAC、ATCC、NIH等权威机构作为细胞株鉴定对的金标准

STR自动分型技术广泛应用于DNA分型实验，具有自动化程度高、快速、灵敏、准确、稳定、重复性好的特点。

目前已与国内近百所高校、科研院所及三甲医院密切合作，并服务于多家生物医药生产企业。

实验室中细胞处于下列情况时，则需要考虑进行细胞鉴定:

(1)当收到一株新的细胞株进实验室时；

(2)某细胞株需要长期冻存时，提前做；

(3)从细胞库复苏后，确认是否为目标细胞株；

(4)细胞株传代超过5-10代后；

(5)当研究数据出现异常，有疑问时；

(6)当研究开始或者结束时，对应研究的细胞株；

......

公司坚持致力于细胞交叉污染及细胞溯源鉴定工作的研究，在细胞系STR鉴定方面具有丰富的经验。针对包括但不限于干细胞、免疫细胞、PBMC、PDX模型、CDX模型、Car-t、iPSC细胞、类器官等不同类型样本的不同鉴定要求，亦有2000+的检测分析经验。

提供样本类型：血浆，血清，细胞沉淀，细胞培养液，细胞冻存液，DNA，组织等(组织要大于芝麻粒大小；细胞大于等于10⁶）

一、STR鉴定实验流程：

STR自动化分型技术主要步骤：多色荧光标记STR复合扩增，扩增产物自动毛细管电泳结合激光诱导的荧光检测，自动数据采集并分型。

1、取适量检材，用Chelex100 法提取DNA；

2、采用CELL STR ID^®扩增20个STR位点和性别鉴定位点；

3、使用ABI 3130xl型遗传分析仪进行PCR产物检测；

4、使用GeneMapper IDX软件(人源个体识别专用软件)对检测结果进行分析，并与ATCC、DSMZ、JCRB、ECACC、COG等全球近8000+个人源STR数据进行比对。

5、出具实验报告，提供实验报告给委托人及机构单位。

二、数据分析详情：

1、图谱

有效峰为真实的PCR条带;STUTTER峰及其它杂峰在分析时中忽略不计

   1）STR分型结果说明：

（1）STR基因座结果只有一个数字（数字为该STR重复序列的重复次数），表示该基因座检出2个一样的分型条带，为纯合子；

（2）STR基因座结果有两个不同数字，表示该基因座检出2个不一样的分型条带，为杂合子。

2）STR分型图谱说明：

（1）绿色横条为对应的STR基因座名称；

（2）各STR基因座位置的对应的灰色条带为群体遗传学分析统计的不同等位基因的标准品对应的片段长度；

（3）横坐标为基因片段长度值范围：图谱显示范围一般为70b p-500bp；

（4）纵坐标为STR基因片段的信号强度，峰值越高表示当前检测时的样本相对浓度越高。（5）人正常二倍体细胞，各STR基因座检出的正常STR图谱应表现为单峰（纯合子）或双峰（杂合子）。

2、输入待检样本的STR数据信息后给出对比结果

例：样本X-1细胞株的STR位点和Amelogenin位点的基因分型结果见附表：

STR位点基因分型结果对比

STR数据比对默认ATCC、DSMZ、JCRB、ECACC、COG、CBA、KCLB等数据库和文献近8000个人源STR数据（截止2022.3.15），如需比对其它参比数据，注明被检样本的比对数据来源。

3、下图为cellosaurus数据库比对结果图

样本X-1在Cellosaurus细胞库中找到与其细胞分型97.30%相匹配的细胞,细胞名为：CNE-1。如下图：

根据国际细胞鉴定委员会(ICLAC)制定的人源细胞STR鉴定结果标准：

（1）细胞系的匹配度≥80% 时，认为它们具有相关性，即衍生于共同的祖先细胞；

（2）匹配度在55% 至 80% 之间，需要进一步验证相关性；

（3）小于55%，表明两者不具有相关性。