小鼠细胞STR鉴定苏州琪霖智检细胞生物技术有限公司

技术服务详细描述

细胞、组织身源认定或者个体识别是当今实验数据及实验数据准确性的重要内容。在DNA水平上进行个体同一认定是获取准确结论的最直接方法。

 2011年初，美国菌种保藏中心（ATCC）制定了人源细胞系STR鉴定标准，旨在约束因细胞交叉污染和错误辨识所导致的无效科研数据的不断扩增。更重要的是，细胞系的精确鉴定在研发基于细胞下的医学产品时起到至关重要的作用，它能避免将人体细胞暴露于错误鉴定细胞中的风险。

目前应用最广泛的技术是短串联重复序列（short tandem repeat,STR）复合扩增荧光检测技术。

细胞株STR鉴定目的：

（1）细胞系间有无交叉污染

（2）所培养细胞间是否同一来源

（3）细胞来源是否是人源

（4）细胞系是否发生转化

（5）是否有迹象表明细胞系有无遗传

（6）稳定倾向和表型多样性的倾向

STR基因组是一类广泛存在于真核生物基因组中的DNA串联重复序列，其核心序列长2-6BP，重复次数通常为15-30次。STR基因组的高度多态性及其在基因传递过程中遵循孟德尔共显性遗传规律等特点，使得PCR-STR复合扩增荧光检测技术已成为国际法医学界、真核生物学研究、企业药物研发等领域不可或缺的一项重要技术手段，在各国罪犯DNA数据库建设、细胞数据库建设、人源个体识别，鼠源个体识别、种属识别、亲权鉴定等等实践中发挥着越来越重要的作用

STR基因组由于其多态性主要源自核心序列重复次数在个体间的差异，因此利用STR可以有效进行细胞株鉴定。STR分型被ICLAC、ATCC、NIH等权威机构作为细胞株鉴定对的金标准

STR自动分型技术广泛应用于DNA分型实验，具有自动化程度高、快速、灵敏、准确、稳定、重复性好的特点。

目前已与国内近百所高校、科研院所及三甲医院密切合作，并服务于多家生物医药生产企业。

实验室中细胞处于下列情况时，则需要考虑进行细胞鉴定:

(1)当收到一株新的细胞株进实验室时；

(2)某细胞株需要长期冻存时，提前做；

(3)从细胞库复苏后，确认是否为目标细胞株；

(4)当细胞株传代超过5-10代后；

(5)当研究数据出现异常，有疑问时；

(6)当研究开始，准备的细胞株；以及研究结束时，针对研究的细胞。

......

鼠源STR鉴定采用小鼠基因分型试剂盒（Mouse STR v3.0）实现了建立小鼠细胞株分型图谱，准确的数据与数据库进行比对、确定细胞株身份的同时，也可确认是否存在人源细胞株交叉污染

提供样本类型：细胞沉淀，细胞培养液，细胞冻存液，DNA，组织等(组织要大于芝麻粒大小；细胞大于等于10⁶）

一、小鼠细胞STR鉴定试验流程：

STR自动化分型技术主要步骤：多色荧光标记STR复合扩增，扩增产物自动毛细管电泳结合激光诱导的荧光检测，自动数据采集并分型。

1、样本提供：细胞株细胞10⁵-10⁶个；组织样本（至少芝麻粒大小，加冰袋运输）；

2、取适量检材用Chelex100 提取DNA；

3、采用小鼠基因分型试剂盒（Mouse STR v3.0）对18-3、4-2、6-7、19-2、1-2、7-1、8-1、1-1、3-2、2-1、15-3和6-4等20个位点进行复合扩增（包括TH01、D5S818人源STR位点）；

4、使用ABI 3130XL型遗传分析仪上对扩增产物进行检测；

5、使用GeneMapper IDX软件(Applied Biosystems)对检测结果进行分析，并与ATCC数据库进行比对。

6、审核实验报告，提供实验报告给委托人或者企业单位。

二、数据对比详情（以样本MC-18为例）：

1、本检测体系的小鼠细胞STR检测位点参考:Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines. （June 20,2019）PLoS ONE

细胞mc-18的STR分型结果

2、图谱

有效峰为真实的PCR条带;小峰和非特异性条带在计算中忽略不计

①该株细胞DNA进行小鼠细胞STR分型结果显示，分型结果良好，1-1和17-2出现三等位基因现象，TH01、D5S818人源STR位点未见特异扩增峰。

②该株细胞为单一来源小鼠细胞，且没有人源细胞污染。

STR分型图谱说明：

（1）绿色横条为对应的STR基因座名称；

（2）各STR基因座位置的对应的灰色条带为群体遗传学分析统计的不同等位基因的标准品对应的片段长度；

（3）横坐标为基因片段长度值范围：图谱显示范围一般为70b p-500bp；

（4）纵坐标为STR基因片段的信号强度，峰值越高表示当前检测时的样本相对浓度越高。

3、输入待检样本的STR数据信息后给出对比结果

MC-18细胞株的STR位点和Amelogenin位点的基因分型结果见附表：

4、下图为cellosaurus数据库比对结果图

样本MC-18在Cellosaurus细胞库中找到与其细胞分型93.94%相匹配的细胞,细胞名为：B16-F1。如下图：

根据ANSI 制定的国际标准，STR位点基因分型结果对比

①细胞系的匹配度≥80% 时，认为它们具有相关性，即衍生于共同的祖先细胞；

②匹配度在55% 至 80% 之间，需要进一步验证相关性；

③小于55%，表明两者不具有相关性。