宏基因组测序及分析上海迪奥生物科技有限公司

技术服务信息

服务名称:宏基因组测序及分析
服务类别:细胞生物学服务 - 细胞培养服务
价格:询价
允许参观:允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2018/3/21 9:09:00
浏览人数:7498
诚信指数:534点
了解更多:进入公司展台
使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
点此求购 我要咨询
生物在线声明:以上所展示的信息由企业自行提供,内容的真实性、准确性和合法性由发布企业负责。生物在线对此不承担任何保证责任。

供应商联系卡

上海迪奥生物科技有限公司
地址:
上海市斜土路1175号景泰大厦1508
邮编:
200032
电话:
021-54960912
传真:
021-54035803
联系人:
胡小姐
所在区域:
上海·上海
邮件:
公司展台:
扫一扫,关注我们

技术服务详细描述

宏基因组测序及分析

一、技术介绍

宏基因组测序,是将环境样品中的微生物群落基因组作为一个整体,进行高通量测序分析,从而对环境中微生物菌群的多样性、丰度以及功能活性进行解读,进而探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系;通过比较研究,发掘和研究新的、具有特定功能的基因等。

宏基因组测序,使我们对环境微生物的研究不再单纯局限于纯培养,可以对样品中不可培养微生物进行更为全面的了解与探究,大大扩展了微生物的研究范围,为微生物的研究提供了高效的研究工具。

   我们的Illumina测序平台相对于454测序平台具有更高的性价比,在相同的投入的情况下,采用Illumina可以得到更高的数据量,二这对于复杂的微生物群落而言意味着更高的覆盖度,这有利于鉴定低丰度的微生物群落,也有利于挖掘更多的微生物基因资源。

二、技术路线

 

 

图1 宏基因组研究流程

三、生物信息学分析

1. 物种多样性分析

  将所得Reads质控后,与微生物基因组数据库进行比对,得到样品物种信息,分析出环境样品中各个物种在总样品物种中所占的比例。

 

 

图2 某环境样品中微生物群落组成结构饼图

 

2. 微生物群落结构与功能分析

  通过宏基因组大量测序,除了能得到样品中的物种分类组成信息,还可以对测序数据进行功能基因分析,深度挖掘基因资源,研究与特定环境相关的代谢通路,以及通过不同样品间的比较,研究微生物群落内部、微生物与环境、微生物与宿主间的相互关系。对于不同的样品,可以进行相应的比较分析,以发现样品间某些指标的异同。常用的数据库有GO、COG、KEGG。

图3 两个不同时间环境样品eggNOG 分析结果

 

  

              图4  某环境样品KEGG pathway 分析代谢路径图

四、应用领域

   人体及动物微生物:如人体皮肤、消化道、呼吸道、口腔以及动物瘤胃、昆虫肠道等);

   环境微生物:土壤、污水、海洋、矿地、火山口等;

   工业微生物:酿酒微生物、发酵微生物等;

   植物内生菌等

五、常见问题解答

  1. 宏基因组测序对于样品有什么要求?

1)对于基因组DNA样品,一般要求OD260/280在1.8-2.0之间,OD260/230大于1.0,浓度>30ng/μl,总量>5μg,质检结果显示基因组DNA完整无降解。

2)对于PCR产物,需经电泳割胶回收,要求产物浓度>10ng/μl,总量>150ng,OD260/280在1.8-2.0之间。

   2. 一般需要多少数据量?

对于不同的环境样品,因其物种组成和丰度的不同,所需的数据量也有较大差异,一般而言,对于全基因组测序需要3G左右的数据量,对于16S rRNA基因可变区测序一般需要8M reads的数据量。

3. 实验周期有多长?

 从收到样品到文库制备再到高通量测序,一般控制在20个工作日内完成,基本生物信息学分析一般能在30个工作日内完成,中高级生物信息内容一般60个工作日完成。

六、相关文献

1. Elizabeth M Ross, Peter J Moate, Carolyn R Bath,et al. High throughput whole rumen metagenome profiling using untargeted massively parallel sequencing. BMC Genetics, 2012, 13: 53-66.

2. Zhu LF,Wu Q, Dai JY, et al, Evidence of cellulose metabolism by the giant panda gut microbiome. PNAS, 2011, 108(43): 17714-17719. 3. Qin JJ, Li YR, Cai SH, et al. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes. Nature, 2012, 490: 55-60. 4. Qin JJ, Li RQ, Raes J, et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature, 2010, 464: 59-67.

生物在线声明:以上所展示的信息由企业自行提供,内容的真实性、准确性和合法性由发布企业负责。生物在线对此不承担任何保证责任。

查看宏基因组测序及分析 产品的用户还对以下产品感兴趣

  哺乳动物稳定转染细胞系构建   [供应商:上海锐赛生物技术有限公司]
  工艺开发和培养基优化服务   [供应商:Life Technologies]
  细胞生物学(各种细胞系和原代细胞培养及指标测定)   [供应商:北京博乐通生物科技有限公司]
  细胞生物学对外实验室   [供应商:上海浩秦生物技术有限公司]
  干细胞核型分析   [供应商:赛业(广州)生物科技有限公司]
  干细胞原代提取服务   [供应商:赛业(广州)生物科技有限公司]
  干细胞培养扩增服务   [供应商:赛业(广州)生物科技有限公司]
  抗病毒药物筛选服务项目   [供应商:上海洛神生物技术有限公司]
  宏基因组测序及分析   [供应商:上海迪奥生物科技有限公司]
  细胞转染   [供应商:上海二医新生基因科技有限公司]

ADVERTISEMENT

找不到您所需的产品,发布求购试试?

标题:*
描述:
姓名:*
Email:*
单位:*
电话:*
地址:*
邮编:
资料: 需要 不需要
报价: 需要 不需要