蛋白质组及生物信息技术服务--iTRAQ、Label-free、2D、质谱鉴定、蛋白质组生物信息、Shotgun、蛋白纯化,蛋白测序,小分子化西农生(北京)生物技术有限公司

技术服务信息

服务名称:蛋白质组及生物信息技术服务--iTRAQ、Label-free、2D、质谱鉴定、蛋白质组生物信息、Shotgun、蛋白纯化,蛋白测序,小分子化
服务类别:蛋白相关服务 - 蛋白质组综合服务
价格:协商元
允许参观:允许参与实验
所在区域:北京.北京
更新时间:2018/1/24 16:19:00
浏览人数:12888
诚信指数:5点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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西农生(北京)生物技术有限公司
地址:
北京市海淀区西三旗育新花园2号楼东段三层105室
邮编:
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010-62818178,13811538432
传真:
010-62818178
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周先生
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北京·北京
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公司展台:

技术服务详细描述

 

分别点击  生物信息,   iTRAQ,   Label free,  Shotgun,   蛋白纯化,  蛋白测序   可查阅相应条目详细信息。

公司搭建了双向电泳系统和质谱系统为基础的,配以样品制备,质谱前处理等设备及蛋白质数据分析为辅的蛋白质技术平台,提供蛋白定量、SDS-PAGE、蛋白分子量测定,双向电泳的蛋白组信息呈现,蛋白质的质谱鉴定,蛋白质生物信息处理等多种技术服务。


公司拥有样品前处理实验室及二维电泳实验室,质谱实验室等,工作由具有蛋白组技术经验的技术人员完成,主要员工均具有硕士及硕士以上学历,多年从事蛋白技术实践经验.公司已国内多家医院,大学及科研院所开展蛋白质组课题的合作.

客户名单如下:
医院:北医三院,解放军309医院,北京朝阳医院,四川大学华西医院,昆明延安医院等。
高校:中国农业大学,北京农学院,北京林业大学,河南农业大学,内蒙古农业大学,青海大学,重庆医科大学,新疆医科大学等。
科研院所:中科院遗传与发育所,中科院海洋所,中科院农业资源中心,中国林业科学研究院,医科院药植所,医科院病原所,中国CDC营养所,山东省农科院等。



                         
 lable-free路线

声明:案例为本公司实际操作案例。为保护客户的权益与保密协议,在保证实验结果真实有效的前提下,我们对实验的数据进行了适当的变动处理,欢迎用户来我公司参观及考证结果真实性。请勿转载!责任自负!


一、样品处理
1、8个样品冻干,加入TFA水溶液从溶。
2、取8个C18脱盐柱分别加入100%乙jing离心。再加入TFA 离心。
3、8个C18脱盐柱分别加入从溶的样品,离心1min反复上样3次。
4、分别加入洗脱液离心1min,并收集离心后的洗脱液冻干。
5、将冻干后样品加入A液从溶后离心2min,取上清定量。
6、分别取相同的量进行质谱检测

二、肽图质谱检测
检测条件
液相:EASY-nLC1200
色谱条件:色谱柱:Dionex C18 PePMap300, 1.9um, 120Å; ID 150um, length 12cm。
流速:略
洗脱条件:

time 0 8 24 60 79 80         85         86        90
%B 5 5 13 28 40 95         95         6           6


质谱仪:QE
质谱条件:数据采集时间:78min, 喷雾电压 (spray voltage):2.0KV; 毛细管温度(caplillary temperature):320℃; 碰撞能量(normalized collision energy):27%, 采集质量范围:300-1400 Da。


CK_TIC



CK__BPC


单个样品重复3次

比较组间有统计意义的差异蛋白。


iTraq路线

使用仪器

Thermo Q Exactive


 简介
 
同位素标记相对和绝对定量iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术可以在一次实验中对2-8个样品中的蛋白质进行标记和同步分析比较,已经成为高通量比较蛋白质组研究的主要手段之一。
 
 应用
Ø 可对血浆、体液、动物组织、植物组织、细胞培养液、细菌及真菌等进行体外标记。
Ø 标记过程中能保留常见的翻译后修饰位点。
Ø 可检测胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白,以及低丰度蛋白、强碱性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白。
Ø 可进行多个时间点、细胞周期、细胞信号传导整个过程蛋白质组动态变化的监测。
Ø 可分析详细分期型的临床疾病样本,并可设计样本重复,甚至可以进行个体样本的研究。
 
 优点
 
Ø 通量高,结果直观,系统误差最小。
Ø 节省样品的用量和检测的时间。可同时对2-8个样品进行蛋白差异分析。标记完全,标记效率高达97%以上。
Ø 分离能力强、分析范围广。质谱具备高灵敏度、检测限低。二级碎片离子信号增强,产生质量更高的二级质谱,确保鉴定结果高的可信度。
Ø 定性分析结果可靠,可以同时给出每一个组分的分子量和丰富的结构信息。
Ø 自动化程度高。分析时间快,分离效果好。


iTRAQ的8种同位素标记试剂由8种相对分子质量分别为113Da、114Da、115 Da、116 Da、117 Da、118Da、119Da和121Da的报告基团(Reporter group),相对分子质量分别为192Da、191 Da、190 Da、189 Da、188 Da、187Da、186Da和184Da的平衡基团(Balance group)以及相同的与肽段反应的基团(Peptide reactive group)组成。其中每一种报告基团及与其相应的平衡基团的总分子质量均为305Da。操作时首先对不同蛋白质样品分别进行酶解,对酶解肽段进行不同标记后混合,结合多为色谱分离和串联质谱鉴定,从而实现对不同来源样品蛋白质进行分离、鉴定和定量的目的。
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Ø 节省样品的用量和检测的时间。可同时对2-8个样品进行蛋白差异分析。标记完全,标记效率高达97%以上。
Ø 分离能力强、分析范围广。质谱具备高灵敏度、检测限低。二级碎片离子信号增强,产生质量更高的二级质谱,确保鉴定结果高的可信度。
Ø 定性分析结果可靠,可以同时给出每一个组分的分子量和丰富的结构信息。
Ø 自动化程度高。分析时间快,分离效果好。



8个来源不同的相同蛋白样品在一级质谱上表现相同。平衡基团在二级质谱发生中性丢失导致报告基团在二级质谱产生8个报告离子,分别是113Da、114Da、115 Da、116 Da、117 Da、118Da、119Da和121Da。通过分析报告离子的峰强度比值就可以分析同一个蛋白在不同样品间的表达量比值。

实验案例
为了开发新的临床免疫组化生物标记来区分肝细胞癌(sHCC)和发育异常的结节(DN),采用iTRAQ技术来筛选区分癌前病变和肝细胞癌的免疫组化生物标记。
Ø 已发表文献(IF5.12)
iTRAQ-2DLC-ESI-MS/MSBased Identification of a New Set of Immunohistochemical Biomarkers for Classification of Dysplastic Nodules and Small Hepatocellular Carcinoma. J. Proteome Res. 2011, 10, 3418–3428
 
Ø 实验设计
样品取自LC,DN和sHCC三个不同的组织来源。提取蛋白后,分别用115,116,117来标记,混合蛋白并经过SCX柱液相分离后,最后进入液质系统进行蛋白质谱鉴定。
Ø 结果
共有1951个蛋白被定量,在1.25倍p<0.05的显著差异下得到52个上调蛋白和95个下调蛋白。
挑选出来的候选生物标记进一步通过Western和免疫组化进行验证。进而用ROC曲线和逻辑回归模型来评估生物标记的诊断效果。


最后ACY1和SQSTM1被选为新的生物标记,而所建立的逻辑回归模型包含ACY1,SQSTM1和CD34。这个模型的敏感性和特异性分别是96.1%和96.7%。
部分iTRAQ技术已发表文献
iTRAQ plus 18O: A new technique for target glycoprotein analysis ,  Talanta, Volume 91, 15 March 2012, Pages 122-127(方法学)
Identification of transaldolaseas a novel serum biomarker for hepatocellular carcinoma metastasis using xenografted mouse modeland clinic samples , Cancer Letters 313 (2011) 154–166 (IF 4.8,血清样本)
iTRAQ2DLCESIMS/MS Based Identification of a New Set ofimmunohistochemical Biomarkers forClassification of Dysplastic Nodules and SmallHepatocellular Carcinoma,J. Proteome Res. 2011, 10, 3418–3428(IF5.12,组织样本)
Analysis of Transcriptional Factors and Regulation Networks in     Patients with Acute Renal Allograft RejectionJournal of Proteome Research 2011, 10, 175–181(IF5.12,血清样本)
Changes in proteomics profile during maturation of  marrow-derived  dendritic  cells treated with oxidized  low-density lipoprotein Proteomics 2011, 11, 1893–190(IF 4.42,细胞样本)
LC-MS/MS Analysis of Ovarian Cancer Metastasis-Related Proteins Using a Nude Mouse Model: 14-3-3 Zeta as a Candidate BiomarkerJ. Proteome Res., 2010,   6180–6190(IF5.12,囊液样本)



2D路线

案例:  2Dgel差异蛋白的寻找与鉴定    

样品信息:
实验血清vs.对照血清

实验步骤:
1、总蛋白提取
2、总蛋白浓度测定
做标准曲线(如图1):使用经典bradford法定量。

 


图1


3、蛋白的IEF 等电聚焦
本实验采用24cm pH3-10NL(非线性) IPG 胶条进行等电聚焦,采用水化与聚焦分别进行的策略。
4、IPG 胶条的平衡
5、第二向垂直平板电泳SDS-PAGE
6、双向电泳凝胶的染色、脱色及图像采集
所涉及到的仪器与软件:Umax powerlook2000扫描仪;软件。
7、图象分析实验结果
通过ImageMaster 2D Platium软件比对和人工检查,共找出##个差异蛋白,其中##个在实验组中(1B)表达量上调, ##个在实验组中(1B)表达量下调(图中为1B-1A表示以1B为参考胶,对比1A表达有差异的点。L1为图象比对的landmark)(如图2)

 
 
图2


8.切点及酶解:
9.质谱鉴定:

样品1   MALDI-TOF结果:

 


    
根据单TOF结果进行比对,结果为蛋白A,giNO:##,SCORE 172, COVERAGE 31%

级TOF鉴定 MALDI-TOF结果中核质比为 ##的峰

 

  

根据双TOF结果,进行比对,结果为蛋白B,
giNO: ##  ,SCORE 55(有效值为大于35), COVERAGE 2%(数值为全蛋白的COVERAGE)



 

蛋白质组生物信息分析:

(可根据项目具体情况做个性化分析)
 
标准分析A:(包含必选的基础分析模块和基于公共数据库分析的订制模块)
 
A1. 差异蛋白的综合注释。
A2. 基于注释结果的聚类分析。
A3. 基于Gene Ontology的差异蛋白的富集分析(生物学途径/细胞学功能/亚细胞定位等)。
A4. 显著激活通路的富集分析及可视化分析。
A5. gene-phenotype-disease关联分析。
 
 
可选分析B:(包含基于专业/商业化数据库系统所提供的出版级数据分析,为高级别杂志所广泛采用的深入型分析)
 
B1. 差异蛋白的潜在调控模式分析(miRNA/Transcription Factor/Target )。
B2. 差异蛋白的相互作用网络分析。 
B3. 基于GeneMania/IPA数据库的系统生物学分析,药物处理后表型相关子网络及其调控模块分析。
 
这部分为我们所推荐的特色分析,供您选择。
 
我们会根据你的具体需要和研究背景,在分析过程中调整重心,做更有针对性的靶向分析(例如细胞骨架/凋亡/自噬的相关调控模式和新靶点分析)。如果你还有什么具体的需求,请和我们联系。
 

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西农生(北京)生物技术有限公司
地址:北京市海淀区西三旗育新花园2号楼东段三层105室
邮编:100193      电话:13811538432;010-62818178
传真:010-62818178
联系人:周先生

邮件:service@scilongs.com

网址:http://www.scilongs.com  有植物组织、动物组织、细胞、血清等多种样品案例,

更多信息欢迎邮件及电话咨询。
 

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小分子化合物定量分析

运用LC-MS/MS、HPLC、GC-MS对样品中指定小分子化合物进行定性和定量分析。
 

  项目 检测内容
靶向组学分析/能够提供定性和相对定量结果,如提供标品可定量 靶向脂质 PC,PE,CER,SM等(200多种)(加内标需另议)
游离脂肪酸
靶向氨基酸 全谱氨基酸(20种)
氨基酸类衍生物及部分极性小分子 60多种极性小分子
维生素 水溶性和脂溶性维生素
神经递质  
乙酰肉碱  
花生四烯酸类 根据检测指标数量增加
胆汁酸 胆汁酸的检测(20)
有机酸 GC-MS检测TCA循环有机酸
非靶向代谢组学 非靶向全脂质 C18正负两种采集模式
传统非靶向代谢组学 C18正负两种采集模式(兼顾一部分脂质,和一部分极性分子)
非靶向代谢组学 非靶向脂质组学合并
HILIC正采集模式
非靶向代谢组学 非靶向脂质组学合并
HILIC正负采集模式
外源性靶向分析 药代动力学 药时曲线,药物代谢物浓度监测,组织分布
中药血清化学 中药成分鉴定以及归属,多组分浓度测定
中药入血成分筛查,组织分布,多组分药代动力学
其他  其他靶向组分检测,提供标品也可作方法开发和方法学验证
     
数据处理:    
非靶向数据分析 非靶向数据处理 靶向质谱数据处理(去噪,提取,匹配,积分),不包括差异比较
非靶向组学差异分析 组间代谢组学差异分析,并鉴定差异最为明显的组分
靶向数据分析 靶向分析报告 (根据实际实验内容)提供定性结果,相对定量的峰面积或组分浓度检测结果
































































1 、AB5500 Qtrap
2、QE,Q-TOF
3、UltiMate3000---TSQ Quantum Access Max 
4、GC-MS/MS  7890
                  
                         
样本要求
待测样品,标准品,(如需内标法定量,请提供内标),待测化合物信息,如分子式、分子量、溶解性、极性、紫外吸收波长等。如有检测方法,请提供检测方法信息及相应文献。

结果报告
提供原始数据及含量结果、标准曲线、代表性谱图。

案例

  1. UltiMate3000---TSQ Quantum Access Max测定样品中X含量,MRM分析


    
 

2. AB 5500 Q TRAP LC-MS/MS 测定氨基酸色氨酸


 
 

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