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从特定基因入手的功能组学研究上海吉凯基因医学科技股份有限公司

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技术服务信息

服务名称:从特定基因入手的功能组学研究
服务类别:科研实验整体外包服务 - 整体实验服务外包
价格:欢迎来电洽询
允许参观:协商决定
所在区域:上海.上海
更新时间:2021/3/31 14:41:00
浏览人数:1843
诚信指数:1052点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海吉凯基因医学科技股份有限公司
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技术服务详细描述

 

从特定基因入手的功能组学研究

简介

从特定癌基因出发,利用RNAi技术沉默目标基因,并在细胞水平验证其功能表型(细胞增殖、凋亡、侵袭转移和血管新生等),在明确其功能基础上,进一步探讨其发挥作用的分子机制。

通过观察RNAi沉默目标基因前后,基因表达谱的改变(表达谱芯片技术),理解目标基因发挥生物学功能的信号通路与效应分子,选取其中报道较少的靶分子,利用高内涵筛选(High content screeningHCS)技术高通量验证下游分子的功能表型。寻找与目标基因生物学功能具有相似贡献的候选分子。

从特定癌基因出发,在细胞水平筛选和鉴定与其功能一致的生物特征性分子群,在大规模的临床样本中,回顾性验证这群功能分子与临床病理的相关性,研究由点及面,能够不断丰富对肿瘤发生和进展的分子生物学认识。

 

技术特点

A. 采用Loss-of-function方式研究对肿瘤的恶性表型具有贡献的功能基因

通过基因的上调和下调验证功能表型是常规的分子生物学研究策略,在RNAi技术成熟应用的今天,利用靶向siRNA沉默目的基因后的细胞增殖、凋亡、侵袭转移等表型改变,能够有力证实目的基因在肿瘤发生、发展过程中的作用。

B. 采用表达谱芯片技术观察目的基因沉默后相关分子的表达改变

    表达谱芯片是一项成熟的差异基因检测技术,结合强大的生物信息学分析,能够获得对目的基因沉默后下游的信号通路和核心分子的表达改变信息,由此,确定下一步分子机制研究的方向和重点下游基因。

C. 通过高内涵筛选(High content screeningHCS)技术高通量进行功能鉴定

    高内涵筛选技术在细胞学水平对大量的下游分子,采用高速采集数据,全自动分析的方式,验证出行使特定细胞学功能(包括增殖、凋亡、侵袭转移等)的基因,由此分析目的基因与下游效应分子的信号传递和功能分工。

D. 在大规模的肿瘤样本中分析目的基因及相关分子的临床相关性

    大样本的回顾性研究能够在组织样本中找到目的基因与下游分子表达相关性的临床证据,从病理和随访资料中,获得这些分子的表达阳性率与临床的相关性,从而明确其应用价值。

 

服务流程

A. 针对特定目标基因的RNAi综合实验服务;(见XXX,链接)

B. 利用慢病毒载体制备稳定沉默目的基因的细胞株;

C. 表达谱芯片检测,分析目的基因沉默后的相关基因表达改变;

D. 文献检索,确定目的基因下游报道较少,且表达差异显著的分子

E. 从吉凯基因RNAi文库中调取相应的下游分子RNAi慢病毒载体

F. 感染肿瘤细胞,在Cellomics系统上高通量验证下游分子的功能表型

G. 在目的基因与下游分子的功能研究基础上,回到大规模临床样本中进行表达检测,明确其临床意义。

 

应用领域

A. 肿瘤功能基因研究

B. 特定细胞模型的功能分析

C. 信号通路与效应分子验证

D. 临床导向的分子靶标筛选


实验原理和应用实例

来源于临床的样本,分析了20例脑胶质瘤的芯片数据,选取 10个表达显著上调的基因。从干扰文库中调取了这10个基因的RNA干扰慢病毒,分别感染U251胶质瘤细胞。利用公司的高内涵细胞分析仪器检测细胞的增殖。发现2个基因的RNA干扰慢病毒感染U251细胞后,细胞增殖速度显著降低。

对其中的一个基因进行了系列研究:

 

 

扰效率检测

细胞增殖检测

 

 

 

细胞周期检测

 

 

细胞凋亡检测

 

克隆形成能力检测

同时,检测了RNA干扰目的基因后,qPCR方法检测了肿瘤相关的下游分子表达情况。发现P21cyclinE等周期相关的分子表达发生显著改变。

样本要求

高质量,具有明确病理和随访资料的肿瘤组织样本对高通量的基因表达验证有重要作用。

 

相关服务

A.多种同类功能实验对目的基因的验证

B. 多细胞的平行验证

C. 过表达目的基因的反向功能验证

D. RNAi的回复功能实验

E. 体内试验的验证(动物模型)

F. 下游基因表达检测Western

G. 下游基因的同类功能实验

发表文章

The RSA complex targets Protein Phosphatase 2A to centrosomes and regulates mitotic spindle assembly in C. elegans 

 

 

 
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