环状RNA测序广州市锐博生物科技有限公司

技术服务详细描述

测序简介

        环状RNA（circular RNA，circRNA）是最近发现的一类特殊的非编码RNA，它大量存在于真核细胞胞质内，主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生。
        近年研究发现，circRNA具有很多重要的调控功能，例如，circRNA可以作为竞争性内源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）结合胞内miRNA，阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。除此以外，circRNA也具有调控其他类型RNA、调节蛋白质活性等功能。circRNA在不同物种中具有保守性，而且存在组织表达差异，且circRNA的环状结构对RNase不敏感，导致它比线性RNA更为稳定，这些特性使得circRNA具有开发疾病新型诊断与治疗方法的巨大潜力，研究意义重大。

circRNA的生成机制及作用机制

        利用目前最先进新一代测序平台，锐博生物隆重推出circRNA高通量测序服务。我们将为研究者提供包括circRNA鉴定、表达量计算、注释分析、分布统计以及circRNA保守性分析、互作miRNA分析在内的多种生物信息学分析内容，为研究者深度挖掘circRNA功能与机制信息。

技术优势

多物种选择：可直接对人、大鼠和小鼠样本进行最全面的circRNA分析，亦可发现新的circRNA（其他物种需特殊评估）。
高精确度：数字化信号，可预测到基因家族中相似基因以及不同可变剪切类型产生的circRNA序列信息。
高覆盖度：新一代高通量测序技术的高深度覆盖，可以检测到低丰度的稀有circRNA。

实验流程

测序模式

测序平台：Illumina HiSeq 3000/2500
测序模式：PE150/PE100
测序数据量：每个样本5G clean data
送样要求：细胞样本不少于5×10⁷个细胞；组织样本干重600~1μg；RNA样本不少于20μg

信息分析

基础分析
1、数据统计
2、基因比对与统计
3、环状RNA鉴定
4、环状RNA分布统计
5、环状RNA注释
6、环状RNA表达量计算
7、样品组间表达差异分析
8、差异基因GO分析
9、差异基因KEGG分析
10、生物学重复样品间相关性分析
11、环状RNA序列预测
高级分析
1、环状RNA保守性分析
2、环状RNA与miRNA互作分析
分析内容具体详情请咨询当地销售工程师

案例解读

        利用高通量测序鉴定H9细胞系ciRNA
        本项研究利用Illumina HiSeq 2000测序平台对H9细胞系进行去rRNA去线性RNA测序，共鉴定出103个来源于内含子的环状RNA（circular intronic RNA，ciRNA），ciRNA的成环过程依赖于两个共有基序。另外，研究者还发现，一个名为ci-ankrd52的ciRNA会作为RNA Pol II的正向调节因子，引导RNA Pol II在其基因转录起始位点处富集，促进转录延伸。本项研究也发现了ciRNA所具有的顺式调控元件功能。

本项研究circRNA富集过程

使用RNase R对H9细胞中ciRNA进行富集后散点分析图。横轴表示RNase R富集样本中单个ciRNA表达量变化，纵轴表示非polyA/非核糖体RNA（p(A)/ribo-）中ciRNA表达量，对比看出RNase R处理导致多种线性lncRNA表达下调（蓝色标记），而红色标记的ciRNA表达上调

相关文献：Zhang Y, Zhang X O, Chen T, et al. Circular intronic long noncoding RNAs[J]. Molecular cell, 2013, 51(6): 792-806.