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ChIP-Seq广州市锐博生物科技有限公司

技术服务信息

服务名称:ChIP-Seq
服务类别:分子生物学服务 - DNA测序服务
价格:询价
允许参观:允许参与实验
所在区域:广东.广州
更新时间:2017/2/22 16:31:00
浏览人数:2736
诚信指数:69点
了解更多:进入公司展台
使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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供应商联系卡

广州市锐博生物科技有限公司
地址:
广州科学城科学大道182号· 创新大厦C3栋 13层
邮编:
510663
电话:
020-32290221
传真:
020-32290137
联系人:
朱先生
所在区域:
广东·广州
邮件:
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技术服务详细描述

测序简介

真核生物的基因组以染色质的形式存在,染色质是由DNA和蛋白质组成的复合物,研究DNA和蛋白质在染色质形式下的相互作用,对于阐明真核生物的基因表达机制具有重要意义。

染色质免疫共沉淀(ChromatinImmunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛的应用于组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等研究。随着新一代测序技术的成熟与发展,整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq,是继ChIP-chip之后,蛋白质与DNA相互作用研究的又一技术突破。ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀,分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段,对其进行纯化和文库构建,再通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息。

 
 
技术优势

全基因组覆盖:与ChIP-chip相比,ChIP-Seq可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定。

高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点。

高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点。

高性价比:仅需较少的数据量即可鉴定全基因组范围内的结合位点。

 

 

技术优势

 
测序模式

HiSeq 3000/2500

SE50bp测序模式

20M clean reads

 
信息分析

标准数据分析

1、去除接头序列及低质量reads的处理

2、测序质量评估

3、序列比对

4、测序reads全基因组分布图

5、结合峰鉴定

6、结合峰基因元件分布

7、差异结合峰检测

8、差异结合峰相关基因GO功能富集分析

9、差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析个性化数据分析结合峰的motif检测

* 分析详细内容请向当地销售工程师索取

 
案例解读一

组蛋白甲基化修饰是一种重要的表观遗传学调控机制,参与基因转录调控过程。其中H3K4me3、H3K36me3与基因激活相关。2012年,来自西班牙、意大利等国科学家组成的研究团队,利用ChIP -Seq测序技术检测了全基因组范围的H3K4me3、H3K36me3组蛋白修饰情况,结合转录组测序技术,鉴定了在胰岛组织及β细胞中特异性表达的lncRNA。

 
 
案例解读二

2010年,Ramagopalan S研究者通过ChIP-Seq研究发现维生素D进入人体后会激活一种名叫维生素D受体的蛋白质,这种蛋白质会与脱氧核糖核酸(DNA)结合。研究表明,在DNA链上有2776个可供维生素D受体蛋白质结合的位点。其中,维生素D可以影响229个基因的活性。这些基因已经被证明与一系列疾病有关,如多发性硬化症、风湿性关节炎、慢性淋巴细胞性白血病、I型糖尿病和肠癌等。

1. ChIP-Seq检测peak在基因组上的分布


2. ChIP-Seq进行motif预测

 

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