技术服务信息
服务名称：简化基因组甲基化测序 Methyl-RAD
服务类别：分子生物学服务
- 第二代高通量测序
价格：询价
允许参观：允许参观
所在区域：上海.上海
更新时间：2016/9/26 10:33:00
浏览人数：1383
服务商：上海欧易生物医学科技有限公司
诚信指数：282点
了解更多：进入公司展台
使用范围：仅限科研使用，不能应用于临床
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技术服务详细描述
简化基因组甲基化测序 Methyl-RAD
Methyl RAD技术使用了甲基化修饰依赖性内切酶，如FspEI、MspJI、LpnPI、AspBHI等，此类内切酶会识别DNA上发生甲基化的胞嘧***，在识别位置的下游隔一定距离切割双链。若DNA双链具有中心对称甲基化状态，则可以切割产生一个固定长度的双链DNA片段。对酶切产生的标签建库测序，即可进行甲基化位点的定性和相对定量分析。
欧易特色
● 文库构建简便快速，不经过片段大小选择，保证了实验的重复性
● 具有极强的灵活性，标签密度可控
● 标签长度一致，PCR扩增效率一致，测序深度均一
● 具有单碱基分辨率，可以做到甲基化位点的定性和相对定量分析
● 甲基化位点检测的假阳性率能够控制在0.50%以内（WGBS假阳性率在0.28%-0.50%）
● 提供标准和高级生物信息分析，可根据客户需求提供个性化数据分析
● 所需的样本DNA起始量极低
● 有参无参物种均可，既可用于未知甲基化位点的开发，也可用于不同样本间的甲基化位点的差异研究
项目流程
获取基因组DNA---酶 切---测序---文库构建---上机测序---原始测序数据---数据质控---数据分析
推荐测序模式
● Hiseq X-Ten，PE150 ● 30 M reads/1 G基因组大小
样品要求
● DNA：浓度≥37.5 ng/μl、总量≥2.0 μg、OD260/280为1.8-2.0
● 请提供每个样品具体的浓度、体积、提取时间，同时附上电泳检测胶图、分光光度计或者Nanodrop仪器检测数据等
● 样品需经过纯化，尽量减少多糖、蛋白质、RNA等残留，同时应避免样品间的污染
数据分析内容
标准数据分析
● 数据质控 ·去接头污染 ·过滤低质量reads ● reads产出情况统计 ● reads与参考基因组比对
高级数据分析
● 测序数据的全基因组分布趋势
· reads在全基因组每条染色体上的分布（该项分析只针对染色体信息齐全的物种） · reads在CG、CHG位点上的覆盖深度
· reads在不同基因功能元件上的分布（需基因组注释信息）
· reads在基因元件及其上下游2,000 bp的平均覆盖深度分布趋势（需基因组注释信息）
● 甲基化位点信息分析
· 统计CG和CHG的甲基化位点及数目 · 甲基化位点水平的相对定量
· 统计甲基化位点在不同基因功能元件上的分布（需基因组注释信息）
● 全基因组甲基化差异分析
· 差异甲基化位点的筛选统计 · 差异甲基化位点在不同基因功能元件上的分布（需基因组注释信息）
· 分析两组样品间的甲基化水平差异位点的相关基因（需基因组注释信息）
· 对两个样品间的差异基因进行功能注释（需基因组注释信息）
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