技术服务信息
技术服务详细描述
Arraystar m6A-mRNA&lncRNA表观转录组芯片，可定量检测mRNA&lncRNA中m6A的表观转录修饰水平。
芯片优势
与MeRIP-seq相比，Arraystar表观转录组芯片有其独特的优势：
• 可同时检测何种转录本携带修饰，以及不同条件下的修饰差异，更重要的是，还可以检测每一种转录本的修饰比例
• 全面覆盖了编码基因和非编码基因，甚至用MeRIP-seq方法很难检测的lncRNA也可用芯片检测
• 不需要去除rRNA，比MeRIP-seq更简单便捷
• 样本需求量少，总RNA量低至1ug
• 适用于多种样本，比如降解的FFPE样本，血清/血浆/全血样本
Arraystar mRNA&lncRNA表观转录组芯片产品列表
| 服务 | 芯片 | 表观修饰 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|---|
| Human mRNA&lncRNA 表观转录组芯片技术服务 | Human mRNA&lncRNA 表观转录组芯片 | m6A | 8×60K | 44,122 mRNAs; 12,496 lncRNAs; 3,813 Mid-size ncRNAs |
| Mouse mRNA&lncRNA 表观转录组芯片技术服务 | Mouse mRNA&lncRNA 表观转录组芯片 | m6A | 8×60K | 48,161 mRNAs; 8,393 lncRNAs; 4,087 Mid-size ncRNAs |
| Rat mRNA&lncRNA 表观转录组芯片技术服务 | Rat mRNA&lncRNA 表观转录组芯片 | m6A | 4*44k | 27,770 mRNAs; 10,582 lncRNAs; 2,505 Mid-size ncRNA |
芯片特点
芯片可定量每一种转录本的修饰百分比
同一种RNA转录本的修饰亚群和非修饰亚群，由于其结构和结合蛋白的不同，会导致不同的命运（图1）。重要的是，转录本的修饰比例与它们的功能高度相关。然而目前的修饰检测方法，比如MeRIP-seq（m6A-seq），可以确定修饰的位置，却无法对一个特定RNA转录本修饰和非修饰部分的相对含量进行定量。Arraystar表观转录组芯片能够在同一个芯片中通过双荧光通道的方法检测每个转录本修饰亚群和非修饰亚群的百分比（图 2），同时对何种转录本发生修饰和不同条件下转录本的修饰差异进行鉴定。
图 1．同一种RNA转录本，随着其修饰的化学计量数发生变化，其功能也随之改变。在某一种细胞条件下，携带修饰的“RNA 转录本a”所占百分比可能非常低（比如，细胞状态1），但在另外一种条件下丰度变的很高（比如，细胞状态2）。通过引起RNA结构改变，或招募修饰阅读蛋白， “转录本a”的命运发生变化，比如从蛋白翻译转变为RNA降解。
图 2．Arraystar表观转录组芯片可以在同一张芯片上使用Cy5检测免疫共沉淀的修饰RNA，用Cy3检测上清中的非修饰RNA，从而检测每一个转录本中修饰和非修饰的百分比。选择性剪切产生的转录本异构体可以被转录本特异性探针所检测。
覆盖编码基因和非编码基因的表观转录组
•Arraystat mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarrays
适用于mRNA, lncRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA, 和 snRNA
•Arraystar circRNA Epitranscriptomic Microarray
适用于环状RNA，芯片收集了高可信度的环状RNA（在≥2个实验组和≥4个样本中有表达）
•对MeRIP-seq很难检测的RNAs（比如lncRNA和circRNA），也具有高灵敏度和准确度
转录本特异性的RNA修饰检测
选择性剪切产生的转录本异构体具有组织特异性和不同的生物功能。例如，TRIM9短的异构体（NM_052978），而非长的异构体（NM_015163），能够促进DNA和RNA病毒引起的I型干扰素的表达。转录本异构体的修饰百分比发生改变，常与生物功能和疾病相关。
Arraystar表观转录组芯片，使用外显子和跨剪接位点特异性探针，确保了每个转录本异构体修饰水平检测的可信度与精确性，提供了更深层次的表观转录组学信息（图 3）。
样本需求量少
目前MeRIP-seq技术需要≥120g的总RNA起始量，所需样本量多，限制了MeRIP-seq的适用性。相比于MeRIP-seq，Arraystar表观转录组芯片只需1ug 总RNA的起始量，所需RNA的量大大减少（表 1），为珍贵样本和来源有限的样本研究RNA修饰提供了机会。
| 表观转录组芯片 | MeRIP Seq | |
| RNA起始量 | ≥1ug total RNA | ≥120ug total RNA |
| 分离mRNA或去除rRNA | 不需要 | 需要 |
| RNA是否完整 | 不需要 | 需要 |
数据库
Human mRNA&lncRNA Epitranscriptomic microarray
| 探针总数 | 60,613 |
| 探针长度 | 60 nt |
| 探针位点 | mRNA & lncRNA: 特异性外显子和选择性剪切位点 Mid-size ncRNAs: ncRNA的独特序列区域 |
| 探针特异性 | 转录本特异性 |
| 标记方法 | 全长标记cRNAs，无3’偏好性，丰度很低的降解RNA也可标记 |
| 蛋白编码mRNAs | 44,122 |
| LncRNAs | 12,496 |
| Mid-size ncRNAs | 1,366 (pre-miRNAs), 1,642 (pri-miRNAs), 19 (snRNAs), 786 (snoRNAs) |
| mRNA 数据库 | Refseq, UCSC, GENECODE, FANTOM5 CAT [2-6] |
| lncRNA 数据库 | Arraystar LncRNA 收集方式: 收录所有已更新至2018年的数据库和已发表文献中的lncRNAs， 每一个lncRNA基因优先挑选“Canonical” 或 “longest” 转录本 外部数据库 (更新至2018): Refseq, UCSC, GENCODE, FANTOM5 CAT, LncRNAdb, RNAdb, NRED [2-8] 参考文献: 收录至2018年所有文献中的lncRNA [9-45] |
| Mid-size ncRNA 数据库 | GENECODE, miRBase [1-2] |
| 芯片规格 | 8 × 60 K |
Mouse mRNA&lncRNA Epitranscriptomic microarray
| 探针总数 | 60,773 |
| 探针长度 | 60 nt |
| 探针位点 | mRNA & lncRNA: 特异性外显子和选择性剪切位点 Mid-size ncRNAs: ncRNA的独特序列区域 |
| 探针特异性 | 转录本特异性 |
| 标记方法 | 全长标记cRNAs，无3’偏好性，丰度很低的降解RNA也可标记 |
| 蛋白编码mRNAs | 48,161 |
| LncRNAs | 8,393 |
| Mid-size ncRNAs | 701 (pre-miRNAs), 957 (pri-miRNAs), 1229 (snRNAs), 1,200 (snoRNAs) |
| mRNA 数据库 | Refseq, UCSC, GENECODE [2-3] |
LncRNA 数据库 | Arraystar LncRNA 收集方式: 收录所有已更新至2018年的数据库和已发表文献中的lncRNAs， 每一个lncRNA基因优先挑选“Canonical” 或 “longest” 转录本 外部数据库 (更新至2018): Refseq, UCSC, GENCODE, GenBank, lncRNAdb, NRED [2-7] 参考文献s: lincRNA分类[8-11], T-UCRs [12], 进化保守 LncRNAs [13], 收录至2018年所有文献中lncRNA [14-22] |
| Mid-size ncRNA 数据库 | GENECODE, miRBase [1-2] |
| 芯片规格 | 8 × 60 K |
Rat mRNA&lncRNA Epitranscriptomic microarray
| 探针总数 | 40,991 |
| 探针长度 | 60nt |
| 探针位点 | mRNA & lncRNA: 特异性外显子和选择性剪切位点 Mid-size ncRNAs: ncRNA的独特序列区域 |
| 探针特异性 | 转录本特异性 |
| 标记方法 | 全长标记cRNAs，无3’偏好性，丰度很低的降解RNA也可标记 |
| 蛋白编码mRNAs | 27,770 |
| LncRNAs | 10,582 |
| Mid-size ncRNAs | 432 (pre-miRNAs), 449 (pri-miRNAs), 155 (snRNAs), 1,469 (snoRNAs) |
| mRNA 数据库 | Refseq, Ensembl 92[1, 5] |
| LncRNA 数据库 | Arraystar LncRNA 收集方式: 收录所有已更新至2018年的数据库和已发表文献中的lncRNAs， 每一个lncRNA基因优先挑选“Canonical” 或 “longest” 转录本 正在更新的数据库： Ensembl 92 [1] , Refseq [5] 参考文献: T-UCRs [6-9] |
| Mid-size ncRNA来源数据库 | GENECODE, miRBase, GtRNADb [2-3] |
| 芯片规格 | 4 × 44K |
实验流程
Arraystar表观转录组芯片提供完整的服务，从样本准备，MeRIP，cRNA标记，芯片实验到注释和数据分析。严格的质控步骤保证数据质量和有效性。交给我们您的样品，我们将做到最好。
m6A-mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarray实验流程：
• 客户提供样本（具体见样本指南）
• RNA质量检测
• m6A-RIP
• cRNA合成和双色荧光标记（cy5标记IP-RNA，cy3标记上清RNA）
• 芯片杂交，洗脱和扫描
• 数据采集，数据注释，数据分析和总结
结果展示
Arraystar在芯片表达检测，数据分析和结果注释方面有着专业而深入的知识与经验。为客户提供丰富而详细的表观转录组生物信息学数据分析结果。
差异m6A甲基化转录本（mRNA，lncRNA和mid-size ncRNA）：
差异m6A甲基化mRNA聚类分析：
差异m6A甲基化mRNA GO富集分析：
差异m6A甲基化mRNA pathway分析：
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