Affymetrix mRNA表达谱芯片服务北京博奥晶典生物技术有限公司

金牌供应商 

技术服务信息

服务名称:Affymetrix mRNA表达谱芯片服务
服务类别:生物芯片服务 - 生物芯片制备服务
价格:询价
允许参观:不允许参与实验
所在区域:北京.北京
更新时间:2018/8/10 15:45:00
浏览人数:19534
诚信指数:1808点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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北京博奥晶典生物技术有限公司
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技术服务详细描述

Affymetrix mRNA表达谱芯片检测

简介
    Affymetrix公司基因表达谱芯片覆盖物种广泛,在真核生物表达谱检测芯片方面产品种类最为齐全。Affymetrix表达谱芯片采用短探针(通常25mer长度),多位点设计(对一个基因转录本,设计多个探针,综合起来评价检测信号。

 

探针设计

  对于大部分表达谱检测芯片,采用PM-MM探针方案采集错配探针信号,进行检测背景校正。按照探针设计选择区域主要分为以下三个大类:

  3’端表达谱芯片(3’ Expression Arrays):主要针对基因3’末端上游约600bp的序列设计约11组PM-MM探针,这些探针检测到的信号值与靶标序列的表达水平存在线性关系。这类芯片包括人U133 plus2.0;小鼠430 2.0;大鼠230 2.0等多个物种的经典产品。

  全转录组分析芯片:采用随机引物法扩增靶标序列,因此其探针设计区域无需局限于3’末端,对于原核生物针对开放读码框来设计探针,对于真核生物针对基因的外显子设计探针,因此可以用于全转录本表达谱和可变剪接的分析。这类芯片包括外显子芯片(Exon 1.0 ST,ST是”Sense Target”的缩写,表示检测正义链核酸)和基因芯片(Gene 1.0 ST),目前已经推出的Exon 1.0 ST和Gene 1.0 ST芯片包括人、小鼠、大鼠三个物种,Gene 1.0 ST是Exon 1.0 ST简化版本,着重于注释完善的基因组区域,Exon 1.0 ST还包括预测性外显子序列。

  Tiling芯片(Tiling Array):根据基因组DNA序列设计探针,如人Tiling芯片,每35bp设计一个25mer探针,间隔10bp。主要用于全转录组分析;转录因子结合位点分析;染色体复制起始位置分析等检测目的。

  下图为三种芯片探针设计选择区域示意图:

      

检测原理

  对Exon/Gene芯片和3'表达谱芯片,Affymetrix采用不同的检测流程,图示如下:         

技术特点

  我们以人类基因表达检测的3种常用芯片为例说明各自技术特点,见下表:

分类

芯片种类

检测特点

参数描述

3’端表达谱芯片

Human U133 Plus 2.0

已被广泛使用,并有大量发表的文献,易于比较分析

~47,000个转录本,11对探针/转录本,检测方法基于3’端扩增原理,芯片检测反义链

全转录组芯片

Human

Gene 1.0 ST

更敏感和准确的分析结果,可以做到一个基因一个信号值,数据库相比3‘端表达谱更新

针对从RefSeq、Ensembl以及GenBank假定完成转录本编码序列库中针对功能清楚的28,869个基因,平均25探针/基因,检测方法随机引物扩增全转录本,芯片检测正义链

Human

Exon 1.0 ST

可同时进行基因水平和外显子水平的检测,更精确的检测基因表达,还可以获得选择性剪接信息

检测约1百万个外显子,4探针/外显子(约10%外显子由于长度等原因,探针少于4个),检测方法随机引物扩增全转录本,芯片检测正义链

产品列表

 

 

物种

芯片类型

产品编号

产品名称

基因/转录本数量

人(Homo sapiens)

3’端表达谱

AFF-900470

人基因组U133 +2.0芯片

38,500 个基因/ 47,000个转录本

外显子Exon 1.0 ST

AFF-900649

人Exon 1.0ST芯片

>1 million外显子

全转录本Gene 1.0 ST

AFF-901085

人Gene 1.0ST芯片

28,869 个基因

小鼠(Mus musculus)

3’端表达谱

AFF-900495

小鼠基因组430 2.0芯片

34,000个基因 / 39,000个转录本

外显子Exon 1.0 ST

AFF-900817

小鼠Exon 1.0ST芯片

~1 million外显子

全转录本Gene 1.0 ST

AFF-901168

小鼠Gene1.0ST芯片

28,853个基因

大鼠(Rattus norvegicus)

3’端表达谱

AFF-900505

大鼠基因组230 2.0芯片

28,000个基因 / 30,000个转录本

外显子Exon 1.0 ST

AFF-900820

大鼠Exon 1.0ST芯片

850,000外显子

全转录本Gene 1.0 ST

AFF-901172

大鼠Gene 1.0ST芯片

27,342 个基因

恒河猴(Macaca mulatta)

3’端表达谱

AFF-900655

恒河猴基因组芯片

47,000 个转录本

狗(Canis familiaris)

3’端表达谱

AFF-900725

狗基因组芯片

20,000预测基因和18,000家犬转录本

猪(Sus scrofa)

3’端表达谱

AFF-900623

猪基因组芯片

20,201个基因 / 23,256个转录本

牛(Bos taurus)

3’端表达谱

AFF-900561

牛基因组芯片

23,000个转录本

鸡(Gallus gallus)

3’端表达谱

AFF-900590

鸡基因组芯片

28,000个基因 /32,773个鸡转录本和684个鸟类病毒转录本

斑马鱼(Danio rerio)

3’端表达谱

AFF-900487

斑马鱼基因组芯片

~14,900个转录本

非洲爪蟾(Xenopus laevis)

3’端表达谱

AFF-901214

非洲爪蟾基因组2.0芯片

29,900 个转录本

热带爪蟾(Xenopus tropicalis)

3’端表达谱

AFF-901100

热带爪蟾基因组芯片

51,000 个转录本

果蝇(Drosophila melanogaster)

3’端表达谱

AFF-900531

果蝇基因组2.0芯片

~18,500 个转录本

疟原虫/疟蚊(Plasmodium falciparum-Anopheles gambiae)

3’端表达谱

AFF-900511

疟原虫/疟蚊基因组芯片

4,300 个疟原虫转录本/

14,900个疟蚊转录本

秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)

3’端表达谱

AFF-900383

线虫基因组芯片

22,500 个转录本

拟南芥(Arabidopsis thaliana)

3’端表达谱

AFF-900385

拟南芥ATH1基因组芯片

24,000 个基因

水稻(Oryza sativa)

3’端表达谱

AFF-900599

水稻基因组芯片

48,564个 Japonica转录本;

1,260个 Indica 转录本

小麦(Triticum aestivum)

3’端表达谱

AFF-900558

小麦基因组芯片

55,052 个转录本

玉米(Zea mays)

3’端表达谱

AFF-900614

玉米基因组芯片

13,339个基因;100种玉米品系的14,850个转录本

苜蓿(M. truncatula/ M. sativa/S. meliloti)

3’端表达谱

AFF-900734

苜蓿基因组芯片

48,116 (M. truncatula) / 1,850 (M. sativa) / 8,226 (S. meliloti)个转录本

白杨(Populus sp.)

3’端表达谱

AFF-900728

白杨基因组芯片

~56,000 转录本及预测基因

柑橘(Citrus sinensis)

3’端表达谱

AFF-900731

柑橘基因组芯片

30,171个基因和33,879个转录本

大豆(Glycine max)

3’端表达谱

AFF-900525

大豆基因组芯片

37,500 (大豆) /15,800 (大豆疫霉菌)/7,500 (大豆孢囊线虫)个转录本

大麦(Hordeum vulgare)

3’端表达谱

AFF-900515

大麦基因组芯片

400,000 EST

甘蔗(Saccharum officinarum)

3’端表达谱

AFF-900626

甘蔗基因组芯片

6,024个基因

番茄(Lycopersicon esculentum)

3’端表达谱

AFF-900737

番茄基因组芯片

9,200 个转录本

棉花(Gossypium spp.)

3’端表达谱

AFF-901000

棉花基因组芯片

21,854 个转录本

酿酒葡萄(Vitis vinifera)

3’端表达谱

AFF-900509

酿酒葡萄表达谱芯片

14,000 V. vinifera个转录本;1,700个其他葡萄属转录本

大肠杆菌(Escherichia coli)

3’端表达谱

AFF-900550

大肠杆菌基因组 2.0 芯片

20,366 个基因

酵母(Saccharomyces cerevisiae/ Schizosaccharomyces pombe)

3’端表达谱

AFF-900553

酵母基因组 2.0 芯片

5,841 (酿酒酵母) 和5,031 (裂殖酵母)个转录本

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)

3’端表达谱

AFF-900514

金黄色葡萄球菌基因组芯片

3,300 ORF和 4,800 基因间区序列

枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)

3’端表达谱

AFF-900513

枯草芽孢杆菌基因组芯片

5,000个基因

绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)

3’端表达谱

AFF-900339

绿脓杆菌基因组芯片

5,549 ORFs

 

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