供应文本挖掘服务(NLP)上海明烨生物科技有限公司

技术服务信息

服务名称:供应文本挖掘服务(NLP)
服务类别:分子生物学服务 - 生物信息学服务
价格:询价:13795368404 woshichensong@gmail.com
允许参观:不允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2009/10/22 14:06:00
浏览人数:6583
诚信指数:5点
了解更多:进入公司展台
使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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供应商联系卡

上海明烨生物科技有限公司
地址:
上海国定路335号
邮编:
200433
电话:
021-61016208
传真:
02168544194
联系人:
陈先生
所在区域:
上海·上海
邮件:
公司展台:

技术服务详细描述

针对客户提供的关键词,利用NLP(Natural Language Processing)方法从PubMed文献摘要数据库中查找到与之相关的所有基因或蛋白、小RNA、SNP、化合物等信息,并对这些文献发表的基因/蛋白/小RNA/SNP进行基因互作及调控网络的构建及分析。

具体步骤:

1) Document searching & formating: 文档搜索及格式化,利用关键词进行文档搜索,并将文档整理成XML格式。

2) Gene mention tagging using ABNER: 利用ABNER软件进行基因的描述的定位。

3) Conjunction resolution: 对于提取的基因的描述中,如“STAT3/5 gene”将被解析成STAT3 gene和STAT5 gene

4) Gene name normalization based on Entrez database: 由于自由文本中对于基因的名字比较混乱,需要将文章中的基因描述统一为官方基因符号,以方便分析和比较。基因符号以NCBI的entrez gene数据库为准。

5) Statistical analysis: 对于每个基因,统计该基因出现的频率。基因出现的频率越高,则该基因与本疾病相关的可能性越大。


用途 :

该平台用途相当广泛,例如:
1、可以对研究的相关领域有一个宏观了解。
2、有助于提高各类科学基金申请的成功率。
3、分析的基因一般都是专业的明星分子。在microRNA靶基因分析中,把这些分子做为microRNA的靶基因,是非常好的选择。
4、构建一个宏观的分子线路图,适用于信号通路分析类文章和综述类文章。
5、分析了低通量筛选出来的基因,可以用于和芯片、solexa等数据分析的比较。
6、通过构建基因调控网络,可以揭示目标基因之间的相互作用关系

可靠性 :

1、 对于基因和关键词的关系,是由计算机的相关算法自动处理的结果,我们还提供文章摘要中的关键句子作为佐证。
2、 所有涉及的文章的Pubmed ID号、基因别名等信息均存在放附表中,以供客户查阅及验证。
3、 基因互作数据取自专业STRING数据库(http://string.embl.de/),数据准确可靠。


分析实例一

找到某种癌症(用A癌表示)相关的所有的文献,挑选出与A癌密切相关的基因/蛋白,并构建基因之间的互作网络。
*基因提取
利用关键词搜索获得所有A癌相关的文献。再利用我们开发的文本挖掘平台进行分析,找到相A癌相关的所有基因/蛋白,并将对应的Pubmed ID,匹配的文献数量等信息放在附表中。
*基因互作网络分析
通过整合PubMed text mining,同源预测,基因neighbor,蛋白-蛋白相互作用,基因融合等数据,建立一个A癌相关的all genes in a single plot的调控网络。









分析实例二

某病毒(B病毒)与人类蛋白之间的互作网络。

将B病毒所有的蛋白对应的参考文献摘要从NCBI中下载,利用我们的文献挖掘平台筛选出对应的人类蛋白,并利用文献中提及的病毒蛋白与人类蛋白之间的关系构建蛋白互作网络。

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