基因甲基化检测(MSP,BSP,焦磷酸测序,LUMA,MassARRAY))上海希匹吉生物技术有限公司

技术服务信息

服务名称:基因甲基化检测(MSP,BSP,焦磷酸测序,LUMA,MassARRAY))
服务类别:分子生物学服务 - 基因组分析服务
价格:询价
允许参观:不允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2018/6/28 8:33:00
浏览人数:24688
诚信指数:474点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海希匹吉生物技术有限公司
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技术服务详细描述

基因甲基化检测

甲基化是在DNA甲基转移酶(DNA Methyltransferase, DNMT)催化作用下, 利用S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)提供甲基,在CpG二核苷酸中胞嘧***嘧***环的五号碳原子上加上甲基的共价修饰过程.
DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式,它不改变DNA的一级结构,却在细胞的发育、基因的表达、及基因组的稳定性中起着重要的作用。
CpG岛的高甲基化是肿瘤中存在的普遍现象,而启动子CpG 岛的高甲基化是除突变和缺失外肿瘤中抑癌基因失活的第三种机制。
因此,基因启动子甲基化检测在临床诊断药物敏感性检测个性化治疗等方面具有很高的应用价值。

一. MSP法:定性

    该方法是检测甲基化的经典方法,也是最早采用的基因甲基化检测方法。方法是:通过两对引物,分别对应甲基化序列和非甲基化序列,对重亚硫酸盐转化后的DNA进行PCR扩增,然后通过琼脂糖凝胶电泳分析某个基因的甲基化情况。


图1:MSP PCR产物电泳图 


二. BSP(亚硫酸盐测序法):定量

该方法是通过PCR产物克隆测序,然后用甲基化分析软件对测序序列与靶序列进行比对分析,可以得到如下数据:
A. 测序序列与目的序列的相似度();                             B. C-T转化效率();
C. 目的片段中每个CG的甲基化情况(点状图);            D. 每个CG的甲基化率(); 

                                

              图2a:BSP点状图                                  图2b:BSP序列比对


三.焦***酸测序法:定量

     在表观遗传学的DNA甲基化研究中,新一代的测序方法可得到大量的全基因组甲基化特征数据,需要验证其中特定靶序列与表观遗传修饰的生理相关性。此验证过程较具挑战性,因为甲基化位点的位置和频率的微小改变也会带来明显的变化。焦***酸测序可在一次检测中快速定量一个或多个甲基化位点,是理想的验证方法。

     因此该技术在表观遗传学研究中逐渐成为数据分析的金标准。

    

技术优势:

 Pyrosequencing 能测定邻近CpG区域的单个甲基化水平,甚至包括测序的引物区域

启动子序列中接近的不同CpG岛的甲基化频率计算

 适用于新鲜冷冻,和石蜡包埋的样本

不同的应用实验可同时在一次运行中实现

PCR反应之后,1个小时内可同时平行分析96个样本

应用实例:
 

 

四.           LUMA法: 定量检测全基因组DNA甲基化水平,而不具体于特定的基因。
 
原理及方法如下:
  

 

         基于在DNA甲基化分析中最常用的同裂酶对HpaII/MspI Karimiet等人建立了全基因组DNA甲基化化学发光定量检测技术(Luminometric methylation assay, LUMA.该检测方法以EcoRI作为内部参照。DNA将在两个独立酶切反应(MspI+EcoRIHpaII+EcoRI)中消化。EcoRI酶切后在5’端留出-AATT-,而HpaIIMspI留出了-GC-序列。 然后采用焦***酸测序平台上的聚合酶扩增技术填充核苷酸到5’端。最后用数学公式计算出HpaII/MspI位点甲基化水平即量化为全基因组甲基化的百分比。

 

结果计算方法如下:

 

 

MassARRAY技术平台甲基化定量分析服务应用领域:与多种生理或病理状态相关,包括肿瘤、复杂疾病等的DNA甲基化定量分析.

 

五.           MassARRAY
MassARRAY®EpiTYPER™ DNA 甲基化分析技术结合了碱基特异性酶切反应和MALDI-TOF 检测原理用于DNA 甲基化定量分析。可实现多重CpG的分析检测,是用于DNA 甲基化定量分析及在基因组任何区域或者候选基因中鉴定甲基化定量分析的首选方法。
MassARRAY技术平台甲基化定量分析服务优势优点
   高性能
   可分析覆盖长达500bp 的多个CpG位点
   可检测福尔马林处理的石蜡组织
   高灵敏度
   精度高
   检测低至5% 的甲基化水平(标准偏差: SD <5%;实验室间差异:SD <5%
   高性价比
  可进行多重CpG位点分析
   无需后续验证

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