简化基因组测序2b-RAD上海欧易生物医学科技有限公司

技术服务详细描述

简化基因组测序——2b-RAD

2b-RAD技术（Wang et al, Nat. Methods, 2012）是指基于IIB型限制性核酸内切酶的简化基因组测序技术。通过对IIB型内切酶酶切基因组产生的等长tag进行高通量测序，可以大幅降低基因组的复杂度，同时不受有无参考基因组的限制，快速进行全基因组范围内大规模SNP标记的开发与分型。与传统的简化基因组技术RAD-Seq相比，2b-RAD技术获得的标记数目更多、分型准确率更高，可用于高密度遗传图谱构建、QTL定位、全基因组关联分析、群体进化研究、辅助基因组的组装、全基因组选择育种等。

欧易特色

● 不经过片段大小选择，技术重复度好 ● 具有极强的灵活性，标签数目多少可控

● 标签长度一致，PCR时具有一致的扩增效率 ● 根据每个客户的研究目标和内容灵活定制研究方案

● 共显性标记之外还可以开发显性标记

● 基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML，有效去除重复序列对分型的干扰

项目流程

获取基因组DNA--- 酶切--- 测序---文库构建 ---上机测序--- 原始测序数据 ---数据质控 --- 标记分型--- 数据分析

数据分析内容

标准数据分析

● 数据质控

● 2b-RAD tag产出统计

● 基于iML算法的SNP分型

·有参：与参考基因组比对 ·无参：个体及群体标签聚类

● SNP位点注释（基于参考序列的注释信息）

高级数据分析

● 遗传连锁图谱构建 ● QTL定位

● 群体遗传结构分析 ● 关联分析

● 群体进化研究

·群体遗传多样性指数计算 ·主成分分析（PCA）

·个体聚类分析、群体聚类分析 ·系统进化树构建

推荐测序模式

● Hiseq X-Ten, PE150 ● 4 M reads/1 G基因组大小

样品要求

● DNA：≥25 ng/μl、总量≥1.5 μg， OD260/280为1.8-2.0

● 请提供每个样品具体的浓度、体积、提取时间，同时附上电泳检测胶图、分光光度计或者Nanodrop仪器检测数据等

● 适用范围：单倍体或二倍体物种（有无参考基因组皆可）

● 群体进化研究：群体或亚群的划分要非常明确，群体或亚群内个体的选择要具有代表性

● 遗传图谱构建：群体类型（F1、F2、DH、RIL等）；群体数量不少于100个个体

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