技术服务信息
技术服务详细描述
lncRNA测序
长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。利用新一代高通量测序技术进行lncRNA测序，并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析，有助于科研工作者更快发现那些具有重要调控功能的lncRNA，分析其与特定生物学过程的关系。该方法可以更加高效地获取lncRNA序列以及位置信息，且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制，还可对新的lncRNA进行预测及功能分析，极大促进lncRNA的深入研究。
欧易特色
● 技术稳定，建库重复性好：同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993
● 高特异性：使用特定方法降低样本中rRNA的丰度
● 高准确度：构建链特异性转录组文库，快速、高效、准确地获取样本中几乎全部的lncRNA序列及其位置信息
● 分析严格：系统鉴定已知lncRNA，设置严格的筛选条件用于发现新的lncRNA
● 独具特色的lncRNA高级分析：lncRNA cis和trans调控机制以及ceRNA调控机制等
● 经验丰富：已对多种动植物的lncRNA进行测序分析
项目流程
获取total RNA---去除rRNA---链特异性---文库构建---上机测序---原始测序数据---数据质控---数据分析
推荐测序模式
● Hiseq4000, PE150 ● 一般测序：10 Gb/样本 ● 深度测序：20 Gb/样本
数据分析内容
标准数据分析
● 原始测序数据质控 ● 测序数据质量评估
● Reads污染检测 ● 参考基因组比对
● 转录本重建/组装分析 ● 潜在长链非编码RNA挖掘
● 长链非编码RNA特征分析 ● lncRNA表达量分析
● 差异表达分析
高级数据分析
● lncRNA-mRNA共表达分析
● lncRNA cis、trans分析
● ceRNA分析
● WGCNA分析
样品要求
● Total RNA：≥2 μg ● OD260/280为1.8-2.2
● 适用范围：有参考基因组物
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