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内容丰富的10x免疫组分析报告,派森诺为您持续更新中…

作者:派森诺生物科技有限公司 2021-06-25T09:27 (访问量:4319)

10x免疫组是什么?

10x 单细胞测序在生命领域里面的应用价值已经不言而喻,在研究细胞发育、肿瘤异质性、细胞间互作通讯网络都有着许多成熟的方案。

但是,对于免疫的研究10X单细胞往往会有一点心有余而力不足,仅仅是研究细胞的表达量还是难以详细的刻画出组织内的免疫微环境。所以,10xgenomics在2019年推出了Chromium™单细胞V(D)J 解决方案,利用比较独特的建库方式可以对样本进行转录组测序的同时,也可以对样本内的T细胞与B细胞进行V(D)J区域测序。就相当于,同时获得了该细胞的表达信息与细胞的细胞V(D)J信息。通过V(D)J我们可以拼接出完整的CDR3系列,获得配对的VJ基因组成信息。



那么,基于免疫组库的信息我们可以做些什么呢?

基于对这些信息的进一步分析,我们可以:

(1)获得高扩增的克隆型序列以及了解不同克隆在不同样本间的流动与共享状况;

(2)辅助单细胞转录组的结果,更加可靠判断免疫细胞的分化轨迹;

(3)对不同样本、细胞亚群的TCR/BCR的重排特征有更深入的解析;

(4)对于不同的CDR3序列进行注释,寻找有效的CDR3序列。

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单细胞免疫组产品介绍


但是拿到这些数据后,如何进行有效的数据过滤、挖掘、可视化相信很多科研人员都一筹莫展。但是!今天 !派森诺生物将为您介绍我们新版的免疫组报告包含的分析内容,并且重要的是,报告还在持续不断的添加新的内容,只要您有改进的需求,我们将不断的更新优化中。



基础的比对信息、克隆型统计信息,序列信息通通包含,一眼就可以看到数据的详细信息。

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稀释曲线

稀释曲线可以直观的了解测序的饱和程度,可以对样本中所包含的免疫细胞量有一个预估。

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评估样品多样性的方法之一是参考其克隆性。我们提供了几种评估克隆性的方法。包括克隆数、最高扩增的克隆型占比、最小扩增的克隆型占比等。


不同样本的克隆频数统计

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不同扩增水平的克隆型占比统计

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淋巴细胞发育中免疫球蛋白可变区基因片段经重组而形成完整可变区序列的过程。重链可变区基因由V、D、J各1个基因片段组成,轻链可变区基因由V、J各1个基因片段组成,VDJ基因均有多个拷贝,各片段通过随机组合(即重排)而形成多样性的抗体可变区。我们可以根据不同基因的使用频数以及基因配对关系推导其中的规律。


VJ基因使用统计

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VJ基因配对热图

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我们会使用多种指标来对每个样本的整体的克隆水平进行量化。


Diversity:多样性评估

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CDR3是由V和J或者D和J连接的一段区域构成,具有高可变性。CDR3是决定T细胞克隆类型的区域,且直接识别抗原呈递细胞呈递的抗原氨基酸片段。自然状态下,CDR3的长度分布呈正态分布。


CDR3特征

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通过将CDR3序列按照一定的长度(本报告中选取K=3)进行打断,我们可以获得CDR3的kmer统计结果,当前对于CDR3的kmer研究并不丰富,之前有报道可以根据kmer的降维结果对不同的肿瘤时期进行分型。


CDR3 Kmer分析

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由于细胞之间的趋化等作用,免疫细胞可能会被招募产生作用,所以不同的取样部位可能共享某些相同克隆型的细胞,这也暗示着细胞之间的互作网络。我们通过桑基图来直观的展示这一结果。

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迄今为止,已经有许多与CDR3序列结合的抗原肽段被明确,我们使用VDJDB作为背景对样本的CDR3区段进行注释,以帮助研究人员明晰在样本间具有差异的CDR3序列是否可以进一步判定为候选CDR3序列。


CDR3序列注释

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我们的报告对VJ 基因、CDR3序列特征、样本多样性、序列分析等做了深度的挖掘,当然上图只是我们报告中的一部分而已,如果您对我们的10x免疫组报告有兴趣,可以联系我们,我们将给您提供完整版的10x免疫组DEMO报告。

当然,看完了10x免疫组报告,是不是对免疫组库和单细胞表达谱的联合分析更加好奇了呢?

我们将在后续的推文中,继续给您介绍免疫组的联合分析。


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